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Yorodumi- PDB-7qjp: Crystal structure of a cutinase enzyme from Saccharopolyspora fla... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qjp | |||||||||
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Title | Crystal structure of a cutinase enzyme from Saccharopolyspora flava (611) | |||||||||
Components | Cutinase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / plastic degradation | |||||||||
Function / homology | Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Cutinase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Saccharopolyspora flava (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.561 Å | |||||||||
Authors | Zahn, M. / Avilan, L. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Sourcing thermotolerant poly(ethylene terephthalate) hydrolase scaffolds from natural diversity Authors: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / ...Authors: Erickson, E. / Gado, J.E. / Avilan, L. / Bratti, F. / Brizendine, R.K. / Cox, P.A. / Gill, R. / Graham, R. / Kim, D.J. / Konig, G. / Michener, W.E. / Poudel, S. / Ramirez, K.J. / Shakespeare, T.J. / Zahn, M. / Boyd, E.S. / Payne, C.M. / DuBois, J.L. / Pickford, A.R. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qjp.cif.gz | 190.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qjp.ent.gz | 147.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qjp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/7qjp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7qjmC 7qjnC 7qjoC 7qjqC 7qjrC 7qjsC 7qjtC 1jfrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29117.000 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharopolyspora flava (bacteria) / Gene: SAMN05660874_00127 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1I6NU60 |
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#2: Chemical | ChemComp-PG4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.8153 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 6, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8153 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.561→77.367 Å / Num. obs: 40562 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 17.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.561→1.652 Å / Rmerge(I) obs: 2.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2028 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.548 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1jfr Resolution: 1.561→77.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.911 / SU ML: 0.048 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.693 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.561→77.367 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 21.815 Å / Origin y: 38.3597 Å / Origin z: -18.4699 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |