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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qe4 | ||||||
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タイトル | B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with GalNAc | ||||||
要素 | Sarol-1 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / GalNAc (N-アセチルガラクトサミン) / b-trefoil / pore forming lectin | ||||||
機能・相同性 | Ricin B-like lectins / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Notova, S. / Varrot, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3. 著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qe4.cif.gz | 291.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qe4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qe4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qe3SC 7r55C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 5 - 326 / Label seq-ID: 26 - 347
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 38930.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 遺伝子: PTSG_08235 / プラスミド: pET28aTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2UID9 |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 糖 | ChemComp-A2G / #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 980分子
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: rock |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM AA Morpheus I, 25 % PEG SMEAR MEDIUM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.980107 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月13日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.980107 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→45.19 Å / Num. obs: 79471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 14.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | Num. unique obs: 79471 / Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QE3 解像度: 1.7→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.06 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.143 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.28 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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