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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qe3 | ||||||
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タイトル | Se-M variant of B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with GalNAc | ||||||
要素 | Sarol-1 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / GalNAc (N-アセチルガラクトサミン) / b-trefoil / pore forming lectin | ||||||
機能・相同性 | Ricin B-like lectins / (2S)-hexane-1,2,6-triol / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Notova, S. / Varrot, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3. 著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qe3.cif.gz | 155.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qe3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qe3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qe4C 7r55C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 39211.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 株: ATCC 50818 / BSB-021 / 遺伝子: PTSG_08235 / プラスミド: pET28aTev / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2UID9 #2: 糖 | ChemComp-NGA / | |
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-非ポリマー , 5種, 458分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PGE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 % / 解説: plate |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM AA (Arg, Thr, Lys, His), 45 % precipitant mix 6 Morpheus II-2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9788 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月3日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→39.775 Å / Num. obs: 44177 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3794 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 0.634 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.775 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.134 / Average fsc free: 0.9146 / Average fsc work: 0.9327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.486 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.775 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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