PDB-7qd7: TarM(Se)_G117R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qd7

タイトル

TarM(Se)_G117R

要素

TarM(Se)_G117R

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Staphylococcus epidermidis /

glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / GT-B fold / alpha-O-glucose / wall teichoic acid

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Guo, Y. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Invasive Staphylococcus epidermidis uses a unique processive wall teichoic acid glycosyltransferase to evade immune recognition.
著者: Guo, Y. / Du, X. / Krusche, J. / Beck, C. / Ali, S. / Walter, A. / Winstel, V. / Mayer, C. / Codee, J.D.C. / Peschel, A. / Stehle, T.

履歴

登録	2021年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qd7.cif.gz	122.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qd7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qd7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/7qd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/7qd7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qh9C 7qntC 8p1xC 8p20C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: TarM(Se)_G117R

ヘテロ分子

60.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.680, 88.420, 97.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	TarM(Se)_G117R 分子量: 59652.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 発現宿主: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 10% PEG 20 000, 25% PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.9, 0.03 M NaNO3, 0.03 M Na2HPO4, 0.03 M (NH4)2SO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→43.704 Å / Num. obs: 32047 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.93
反射シェル	解像度: 2.06→2.11 Å / Num. unique obs: 2323 / CC_1/2: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.06→43.704 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.321 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	1603	5.002 %
R_work	0.2183	30444	-
all	0.219	-	-
obs	-	32047	99.956 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.866 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.157 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.152 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.995 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→43.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3722	0	44	218	3984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.081	1.638	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	1.571	7719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.602	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.161	24.176	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.756	15	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.033	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.673	16.186	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.655	16.181	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.733	21.855	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.733	21.86	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.885	16.497	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.883	16.501	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.228	22.002	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.227	22.006	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.272	92.533	15958
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.272	92.533	15959

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.113	0.279	116	0.254	2203	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
2.113-2.171	0.297	114	0.268	2163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.234	0.331	109	0.261	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.234-2.302	0.281	108	0.239	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.302-2.378	0.301	105	0.26	1988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.461	0.29	101	0.251	1929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.461-2.554	0.278	97	0.253	1847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.554-2.657	0.283	95	0.241	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.657-2.775	0.273	91	0.226	1731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.91	0.247	85	0.232	1615	X-RAY DIFFRACTION	99.9412
2.91-3.067	0.251	84	0.231	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.9402
3.067-3.252	0.255	78	0.222	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.8725
3.252-3.475	0.265	73	0.219	1395	X-RAY DIFFRACTION	99.9319
3.475-3.751	0.217	70	0.217	1314	X-RAY DIFFRACTION	99.9278
3.751-4.106	0.222	64	0.193	1219	X-RAY DIFFRACTION	99.9221
4.106-4.586	0.186	58	0.162	1108	X-RAY DIFFRACTION	99.9143
4.586-5.286	0.185	52	0.179	988	X-RAY DIFFRACTION	100
5.286-6.45	0.239	45	0.246	849	X-RAY DIFFRACTION	100
6.45-9.024	0.21	35	0.218	679	X-RAY DIFFRACTION	100
9.024-43.704	0.157	23	0.227	419	X-RAY DIFFRACTION	99.7743

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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