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- PDB-7qd5: Cryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qd5
タイトルCryo-EM structure of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in complex with 48 bp long transposon end DNA
要素
  • IR48 DNA substrate, non transferred strand
  • IR48 transferred strand
  • Transposase for transposon Tn4430
キーワードRECOMBINATION (遺伝的組換え) / DNA transposition / Tn3 family / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / protein metamorphosis
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Tn3 transposase DDE domain / Domain of unknown function DUF4158 / : / Tn3 transposase DDE domain / Domain of unknown function (DUF4158)
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transposase for transposon Tn4430
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shkumatov, A.V. / Oger, C.A. / Aryanpour, N. / Hallet, B.F. / Efremov, R.G.
資金援助 ベルギー, 4件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N
Fonds National de la Recherche Scientifique (FRNS)J.0162.16 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FRNS)J.0096.20 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insight into Tn3 family transposition mechanism.
著者: Alexander V Shkumatov / Nicolas Aryanpour / Cédric A Oger / Gérôme Goossens / Bernard F Hallet / Rouslan G Efremov /
要旨: Transposons are diverse mobile genetic elements that play the critical role as genome architects in all domains of life. Tn3 is a widespread family and among the first identified bacterial ...Transposons are diverse mobile genetic elements that play the critical role as genome architects in all domains of life. Tn3 is a widespread family and among the first identified bacterial transposons famed for their contribution to the dissemination of antibiotic resistance. Transposition within this family is mediated by a large TnpA transposase, which facilitates both transposition and target immunity. Howtever, a structural framework required for understanding the mechanism of TnpA transposition is lacking. Here, we describe the cryo-EM structures of TnpA from Tn4430 in the apo form and paired with transposon ends before and after DNA cleavage and strand transfer. We show that TnpA has an unusual architecture and exhibits a family specific regulatory mechanism involving metamorphic refolding of the RNase H-like catalytic domain. The TnpA structure, constrained by a double dimerization interface, creates a peculiar topology that suggests a specific role for the target DNA in transpososome assembly and activation.
履歴
登録2021年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposase for transposon Tn4430
B: IR48 DNA substrate, non transferred strand
C: IR48 transferred strand
D: Transposase for transposon Tn4430
E: IR48 DNA substrate, non transferred strand
F: IR48 transferred strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,1246
ポリマ－293,1246
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Transposase for transposon Tn4430


分子量: 116992.117 Da / 分子数: 2 / 変異: S911R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)
遺伝子: tnpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10021
#2: DNA鎖 IR48 DNA substrate, non transferred strand


分子量: 14756.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)
#3: DNA鎖 IR48 transferred strand


分子量: 14813.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1TnpA-IR48 complexCOMPLEXhyperactive TnpA mutant S911R in complex with 48 bp DNA containing transposon recognition sequence.all0MULTIPLE SOURCES
2hyperactive TnpA mutant S911RCOMPLEXhyperactive TnpA mutant S911R#11RECOMBINANT
3DNA substrateCOMPLEXDNA substrate#2-#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)1428
33Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス)1428
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl, 30 mM L-Arg HCL
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 11764
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.1.0粒子像選択
2SerialEM3.0.8画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.5モデルフィッティング
9RELION3.1.0初期オイラー角割当
10RELION3.1.0最終オイラー角割当
11RELION3.1.0分類
12RELION3.1.0３次元再構成
13PHENIX1.19.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2635462 / 詳細: cryoSPARC blob picker
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 478011 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 12.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00519124
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82326620
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.6487374
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462958
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062768

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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