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- PDB-7q6u: Crystal structure of the bromodomain of ATAD2 with phenol HTS hit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6u
タイトルCrystal structure of the bromodomain of ATAD2 with phenol HTS hit (cpd 6)
要素ATPase family AAA domain-containing protein 2
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / bromodomain (ブロモドメイン) / epigenetics (エピジェネティクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-963 / ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Patel, S.J. / Winter-Holt, J.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Potent and Selective ATAD2 Bromodomain Inhibitor with Antiproliferative Activity in Breast Cancer Models.
著者: Winter-Holt, J.J. / Bardelle, C. / Chiarparin, E. / Dale, I.L. / Davey, P.R.J. / Davies, N.L. / Denz, C. / Fillery, S.M. / Guerot, C.M. / Han, F. / Hughes, S.J. / Kulkarni, M. / Liu, Z. / ...著者: Winter-Holt, J.J. / Bardelle, C. / Chiarparin, E. / Dale, I.L. / Davey, P.R.J. / Davies, N.L. / Denz, C. / Fillery, S.M. / Guerot, C.M. / Han, F. / Hughes, S.J. / Kulkarni, M. / Liu, Z. / Milbradt, A. / Moss, T.A. / Niu, H. / Patel, J. / Rabow, A.A. / Schimpl, M. / Shi, J. / Sun, D. / Yang, D. / Guichard, S.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1105
ポリマ－15,4541
非ポリマー6574
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area7990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.039, 79.039, 137.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1203-

SO4

21A-1406-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-963 / (1R,9S)-13-(3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-phenyl)carbonyl-11,13-diazatricyclo[7.3.1.0^{2,7}]trideca-2,4,6-trien-10-one


分子量: 368.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.25
詳細: ATAD2 (981-1108) at 12 mg/ml in 25 mM Tris pH 9.7, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP crystallised from 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.25. Ligands were introduced by soaking, ...詳細: ATAD2 (981-1108) at 12 mg/ml in 25 mM Tris pH 9.7, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP crystallised from 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.25. Ligands were introduced by soaking, cryo-protection with 20 % glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→68.93 Å / Num. obs: 19205 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 26.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 112343
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.115.30.6672029238320.7470.3080.7382.999.1
5.17-68.935.40.0266417119810.0120.02950.599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 1.95→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9431 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9424 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.102
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 973 5.08 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1865 19140 99.32 %-
原子変位パラメータBiso max: 99.7 Å2 / Biso mean: 31.25 Å2 / Biso min: 11.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1181 Å20 Å20 Å2
2--0.1181 Å20 Å2
3----0.2361 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.204 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 42 192 1318
Biso mean--45.37 44.36 -
残基数----130
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d439SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes167HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1163HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion153SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1528SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1163HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1584HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.62
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 136 5.18 %
Rwork0.2279 2490 -
all0.2278 2626 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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