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Yorodumi- PDB-7q4g: Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipthth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q4g | ||||||
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Title | Structure of coproheme decarboxylase from Corynebacterium dipththeriae Y135A mutant in complex with coproheme | ||||||
Components | Coproheme decarboxylase from Corynebacterium diphtheriae Y135A mutant in complex with coproheme | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / coproheme decarboxylase / coproporphyrin dependent heme b biosynthesis / porphyrin binding alpha-beta barrel protein | ||||||
Function / homology | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / Chem-FEC / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Corynebacterium diphtheriae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: Front Bioeng Biotechnol / Year: 2021 Title: Initial Steps to Engineer Coproheme Decarboxylase to Obtain Stereospecific Monovinyl, Monopropionyl Deuterohemes. Authors: Michlits, H. / Valente, N. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7q4g.cif.gz | 848.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7q4g.ent.gz | 591.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7q4g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q4g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7q4fC 6xucS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27196.865 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: Y135A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae (bacteria) / Gene: BT093_04375 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Tuner / References: UniProt: A0A2T1BSE4 #2: Chemical | ChemComp-FEC / #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 3350, MgCl2, Sodium Phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.0723 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2018 / Details: Toroidal mirror |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→48.31 Å / Num. obs: 659722 / % possible obs: 97.65 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1912 / Rpim(I) all: 0.0796 / Rrim(I) all: 0.2074 / Net I/σ(I): 5.73 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.885 Å / Redundancy: 4.6 % / Num. unique obs: 8371 / CC1/2: 0.221 / Rpim(I) all: 0.9429 / Rrim(I) all: 2.079 / % possible all: 81.68 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6XUC Resolution: 1.82→48.31 Å / SU ML: 0.2659 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.0619 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→48.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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