PDB-7q43: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q43

タイトル

Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10

要素

Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide
E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / 7-bladed beta-propeller E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 RCC1-like Domain 2 RLD2 ubiquitin ligase dedicator of cytokinesis protein 10 Dock 10 DXDKDED motif

機能・相同性

機能・相同性情報

marginal zone B cell differentiation /

SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / dendritic spine morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / B cell homeostasis / CDC42 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins ...
類似検索 - 分子機能

Dedicator of cytokinesis D, C2 domain /

HERC2, APC10 domain /

HERC2, zinc finger, ZZ-type / Dedicator of cytokinesis C/D, N-terminal / Dedicator of cytokinesis C/D, N terminal / Beta-propeller repeat TECPR / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. ...Dedicator of cytokinesis D, C2 domain /

HERC2, APC10 domain /

HERC2, zinc finger, ZZ-type / Dedicator of cytokinesis C/D, N-terminal / Dedicator of cytokinesis C/D, N terminal / Beta-propeller repeat TECPR / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. /

DOCKER, Lobe A /

DOCKER, Lobe B /

DOCKER, Lobe C / DHR-2, Lobe C / DHR-2, Lobe B / CPH domain / Mouse development and cellular proliferation protein Cullin-7 / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain /

DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DHR-2, Lobe A /

C2 domain in Dock180 and Zizimin proteins / C2 DOCK-type domain profile. / DOCKER domain profile. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain /

Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. /

Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain /

HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. /

Zinc finger, ZZ type /

Zinc finger, ZZ-type /

Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. /

PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. /

Pleckstrin homology domain. /

Pleckstrin homology domain / Galactose-binding-like domain superfamily / PH-like domain superfamily /

Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4000234708 Å

データ登録者

Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10
著者: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

履歴

登録	2021年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q43.cif.gz	495.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q43.ent.gz	361.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kciS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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スプライソソーム (Spliceosomes)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

B: Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide

D: Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide

F: Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide

ヘテロ分子

137 kDa, 6 ポリマー
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1

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

D: Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
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2

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

B: Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

F: Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.820, 108.820, 243.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HERC2 分子量: 42770.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド	Dedicator of cytokinesis protein 10 peptide / Zizimin-3 / Dedicator of cytokinesis protein 10 分子量: 2832.874 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: n-terminally biotinylated peptide via 1,13-diamino-4,7,10-trioxatridecan-succinamic acid 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BY6
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999997 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.665 Å / Num. obs: 57945 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 37.6713780309 % / B_iso Wilson estimate: 33.6856059616 Å² / CC_1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 5.77
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 4230 / CC_1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KCI

3kci

解像度: 2.4000234708→49.6652591346 Å / SU ML: 0.336717390306 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34350427896 / 位相誤差: 25.8287899636
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264969422568	2916	5.04123230123 %
R_work	0.202444119505	54927	-
obs	0.205598267093	57843	99.753388749 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.167441888 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4000234708→49.6652591346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8386	0	13	524	8923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00777401917919	8557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.910592763133	11554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0548702145798	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00551242065795	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.7793819046	3055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4000234708-2.4394	0.32806483769	140	0.270939861958	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4394-2.4814	0.326549546375	155	0.270942539276	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.8902305159
2.4814-2.5266	0.322519757274	146	0.258428796286	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5266-2.5751	0.331942815966	125	0.259972513259	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.8885172798
2.5751-2.6277	0.339069734526	122	0.260757637395	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.9631404349
2.6277-2.6848	0.294836346904	141	0.255031835562	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6848-2.7473	0.32691055388	122	0.241207103501	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.9634903249
2.7473-2.816	0.296629921876	140	0.23076709306	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.8921	0.328154138029	148	0.219981322169	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8921-2.9772	0.265841728356	126	0.218500484363	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9772-3.0733	0.316734266371	154	0.213096047309	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.9636759898
3.0733-3.1831	0.298705217277	131	0.214360874238	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.9635701275
3.1831-3.3105	0.255935480442	146	0.208008170447	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3105-3.4612	0.271255864315	151	0.209550723242	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4612-3.6436	0.281468168407	139	0.19725116564	2571	X-RAY DIFFRACTION	97.7986286539
3.6436-3.8718	0.245762678139	135	0.215248111969	2572	X-RAY DIFFRACTION	97.7609245215
3.8718-4.1706	0.22530677702	135	0.165603609117	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.892202659
4.1706-4.59	0.219475607354	133	0.150734925572	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.2536	0.190055272998	127	0.149178063852	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2536-6.6165	0.236078402671	165	0.173815914817	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6165-49.6652591346	0.237656763507	135	0.202236482336	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.7701149425

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.94882068223	1.54075589423	-1.71612761174	1.8883979502	0.0594465870504	2.312056517	-0.026645040699	0.227874597242	-0.264142254639	-0.20717152912	0.0887052538604	0.0258907843092	0.150699396497	-0.119870612644	-0.0689277837413	0.261543469125	0.0126133616853	-0.0694456993428	0.187123505318	0.00798633452321	0.242142235877	32.7478649994	-25.1366954825	16.6400097522
2	1.17942687525	-0.0752125604132	-0.394802371252	6.47928778468	0.647004109144	2.63296037271	0.209562955297	-0.144640318442	-0.183441073635	-0.0382722189032	-0.112122107888	0.674222455428	0.0990574092963	-0.336461060587	-0.0925286755864	0.186324771871	-0.0516101954342	-0.0197284098145	0.348897440438	0.0617016910768	0.280472839007	22.6600484545	-19.2227095432	33.4631498506
3	4.65755877907	0.81603997825	0.172097329708	4.26452722378	-0.538961643236	3.19392174876	0.0429696766429	-0.166057214364	0.231344617371	0.183714939581	0.0160303614384	0.294893771223	-0.265433501061	-0.141446750507	-0.054444205015	0.188708599978	-0.0146847314996	0.00705913551317	0.157922460982	0.00343606413967	0.183469553625	33.757706956	-3.41203592837	32.5405342269
4	7.30384870148	-1.41418314603	0.575355326685	3.93897467495	-0.372475091348	4.70918069598	0.0571313132224	0.14097483969	0.0981575149354	-0.150004862702	-0.0839014824531	0.0359592919431	-0.321019653515	-0.00953196741902	0.0191626581418	0.240384684033	-0.0344367207215	-0.00626226401513	0.196234070343	0.023412259078	0.132667860632	40.6985681278	-6.8183106307	15.2420412722
5	1.50583320266	-0.396765175121	-0.078917264152	3.36277065066	-0.877528587296	2.44927783711	-0.0451373127304	0.229733346716	-0.268695589906	-0.248050685	-0.034384621809	-0.00925989728332	0.281384541408	0.121991646788	0.0780973697232	0.223231601695	0.0216604548448	0.0365241002211	0.256302644634	-0.057206947096	0.200588663518	60.3757295791	-25.7143157307	54.1803256796
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 2958 through 3082 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 3083 through 3169 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 3170 through 3250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 3251 through 3326 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2959 through 3052 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 3053 through 3106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 3107 through 3250 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3251 through 3326 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 2959 through 3082 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 3083 through 3106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 3107 through 3250 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 3251 through 3302 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 3303 through 3326 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 158 through 166 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 158 through 163 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 158 through 164 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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