PDB-7q40: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q40

タイトル

Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2

要素

E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / 7-bladed beta-propeller HERC2 RCC1-like Domain 2 RLD2 ubiquitin ligase DXDKDED motif

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins /

中心小体 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) /

intracellular protein transport / G2/M DNA damage checkpoint /

ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35002226075 Å

データ登録者

Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2
著者: Demenge, A. / Howard, E. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / McEwen, A.G. / Trave, G.

履歴

登録	2021年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q40.cif.gz	485.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q40.ent.gz	355.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/7q40	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kciS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

ヘテロ分子

130 kDa, 3 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
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2

C: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
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3

E: E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.540, 108.540, 243.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HERC2 分子量: 42770.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HERC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95714, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→54.27 Å / Num. obs: 60722 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 26.6657389414 % / B_iso Wilson estimate: 48.3943368623 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.21
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / Num. unique obs: 4062 / CC_1/2: 0.473

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KCI

3kci

解像度: 2.35002226075→54.27 Å / SU ML: 0.328804329183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35165496232 / 位相誤差: 25.8528569351
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.230322144529	3033	5.00387705608 %
R_work	0.178924037543	57580	-
obs	0.181466050477	60613	98.8003064435 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.9293356942 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35002226075→54.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8249	0	117	237	8603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00685926536726	8529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853509099169	11527
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537411765904	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0040392978825	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.9684030294	3054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35002226075-2.3867	0.38230706728	121	0.318992555549	2288	X-RAY DIFFRACTION	88.3064516129
2.3867-2.4259	0.370775250335	131	0.299114880238	2488	X-RAY DIFFRACTION	95.5490696826
2.4259-2.4677	0.345576501875	134	0.281363302472	2540	X-RAY DIFFRACTION	96.5342960289
2.4677-2.5126	0.279518637846	133	0.250089686478	2539	X-RAY DIFFRACTION	98.2714233174
2.5126-2.5609	0.293199193065	137	0.230355115477	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.0217391304
2.5609-2.6132	0.287696661669	136	0.230453543715	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.3399339934
2.6132-2.67	0.278429064384	137	0.233560329575	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.5628415301
2.67-2.7321	0.269566543293	137	0.228408178618	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.5626822157
2.7321-2.8004	0.33018530145	138	0.218857043694	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.6393797331
2.8004-2.8761	0.261187329871	137	0.216531401739	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.7090909091
2.8761-2.9608	0.258194831751	139	0.217587784432	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.4637111191
2.9608-3.0563	0.310977571189	136	0.215008859993	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.5966263293
3.0563-3.1655	0.330664987269	139	0.217483411761	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.7837837838
3.1655-3.2923	0.24195642547	139	0.204058655609	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.8566821928
3.2923-3.4421	0.267832837498	138	0.200270863346	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.8189061934
3.4421-3.6235	0.238644752445	140	0.174028742045	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.8574991094
3.6235-3.8505	0.201623056063	139	0.156686781863	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.9641577061
3.8505-4.1477	0.202519993766	140	0.141860494282	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.9643493761
4.1477-4.5649	0.174672719827	142	0.130608270833	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5649-5.225	0.172465371428	141	0.130112456201	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.9650104969
5.225-6.5811	0.206305622905	145	0.149528041633	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5811-54.27	0.184458327463	154	0.171540556891	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.4786575432

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.19650467201	-2.62090704281	-0.189930709541	5.3437265329	1.38039476257	2.85345463864	0.246030274346	0.537458127274	-0.0885234741837	-0.370949734557	-0.16652222123	0.688712906199	-0.242605851187	-0.921547896494	-0.067593958828	0.369865008765	0.106684091487	0.00201114833894	0.825596265737	0.11677506669	0.450623268475	-26.6435732801	-34.7849690363	-42.8303747054
2	6.54351950479	-0.698110002969	0.564768439232	8.18040181072	1.03398945391	5.34307980098	0.0786522203438	0.395643554436	0.534820795565	0.320047774405	0.0306713550416	0.768064314114	-0.817506387479	-1.16785915491	-0.147624975914	0.581338654947	0.297535801921	0.0989898913856	0.849560767612	0.178477768468	0.438468852987	-29.6962045854	-22.8519065785	-31.4673636756
3	5.64989915688	-1.94670559916	-0.832524379443	2.44578381985	0.90214829054	4.3262680334	-0.0466884693311	-0.394539504069	0.573876896	0.620823102243	0.464738701472	0.143958371609	-1.08724161468	-0.784479834473	-0.432715937106	0.678965962505	0.234246478455	0.0884944052851	0.502313428067	0.0743696176174	0.393595700422	-18.0608016176	-24.6768655103	-23.9129402751
4	3.2313506103	-0.369453420671	-0.348229328167	4.29039087773	0.244002999489	3.45992746695	0.0341268848642	0.00778999714052	0.333916353487	0.314551193961	0.143071948507	-0.105443423598	-0.242410916725	0.182451982837	-0.184146134904	0.343137333794	0.0580245094861	-0.0124741666519	0.361552255031	0.0263949559672	0.309271982592	-4.66275636145	-33.3521410648	-27.5424057025
5	5.85979999273	1.66051921228	-1.06900161794	7.47627544976	-0.359057433918	4.43788984279	0.062521665484	0.409520725708	-0.0268667329019	-0.189878744081	-0.0806230576893	-0.657608591704	0.138490375355	0.407039913025	-0.034809441475	0.32636881715	0.102393824505	-0.0144535726269	0.45007279212	0.050006101813	0.287792106956	-5.52418592529	-41.9871768006	-42.5339572826
6	6.64958641268	1.05952785351	-6.27541510734	7.61073178259	0.332887909096	9.32556352725	0.19894558758	0.599071819393	0.260530643094	-0.953202234759	0.226484534763	0.443548819662	-0.389594553485	-0.527704566033	-0.434872681534	0.442412239484	0.081234273875	-0.0647652576217	0.646522761331	0.0924284514761	0.355293605124	-12.4261156382	-37.7783986871	-49.6517671073
7	6.13589327934	-0.224962660926	-0.0137209936516	4.11485633739	-1.48624914551	4.19822151138	0.186554371113	0.919692857777	-0.113396991949	-0.695175123634	-0.328649094949	0.00941716581607	0.315441338046	0.0510768443022	0.1543426063	0.477738966827	0.0150719533249	0.00893464946558	0.44138718199	-0.031151733794	0.245385158159	-17.6834575812	-59.8254605873	-10.8315004754
8	3.38660752498	-0.0954800759925	-0.749783198684	3.96217291754	-0.743405130077	2.69020945986	0.0231596106135	0.393046530665	-0.309045829784	-0.704775023976	-0.152749935924	0.263276916477	0.516382352105	-0.49198827127	0.0883028258167	0.449857586615	-0.0255631032748	-0.0170480532286	0.487485298992	-0.108462984325	0.311637282778	-26.1013177544	-66.9682071932	-4.61615785664
9	7.91864039739	-1.66351322568	0.115132370353	2.63755152208	-2.08756117009	7.24492798483	-0.0211189228653	0.259366083497	-0.210099964518	-0.146334342762	-0.0134593369242	0.426132177571	0.472919745478	-0.581174289022	0.0344650988549	0.433392613501	-0.0732541271868	-0.0281998372645	0.371051157113	-0.0908478609722	0.387908574103	-33.686162242	-62.5004898932	6.37399523351
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2958 through 3082 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3083 through 3106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3107 through 3169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3170 through 3250 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3251 through 3302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 3303 through 3326 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 2957 through 3000 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 3001 through 3037 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3038 through 3106 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3107 through 3212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3213 through 3302 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 3303 through 3326 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 2958 through 3000 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 3001 through 3082 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 3083 through 3106 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 3107 through 3250 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 3251 through 3302 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 3303 through 3326 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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