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- PDB-7q3o: Structure of CDX1 bound to hydroxymethylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3o
タイトルStructure of CDX1 bound to hydroxymethylated DNA
要素
  • (hydroxymethylated DNA (18-MER)) x 2
  • Homeobox protein CDX-1ホメオボックス
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / DNA-binding protein (DNA結合タンパク質) / hydroxymethylated DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of somitogenesis / methyl-CpG binding / bone morphogenesis / anterior/posterior axis specification / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding ...regulation of somitogenesis / methyl-CpG binding / bone morphogenesis / anterior/posterior axis specification / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 細胞分化 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス ...Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein CDX-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Popov, A. / Taipale, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of CDX1 bound to hydroxymethylated DNA
著者: Morgunova, E. / Yin, Y. / Popov, A. / Taipale, J.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hydroxymethylated DNA (18-MER)
H: hydroxymethylated DNA (18-MER)
B: hydroxymethylated DNA (18-MER)
I: hydroxymethylated DNA (18-MER)
D: hydroxymethylated DNA (18-MER)
J: hydroxymethylated DNA (18-MER)
F: hydroxymethylated DNA (18-MER)
L: hydroxymethylated DNA (18-MER)
K: Homeobox protein CDX-1
C: Homeobox protein CDX-1
E: Homeobox protein CDX-1
G: Homeobox protein CDX-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,82312
ポリマ－76,82312
非ポリマー00
水1,26170
1
A: hydroxymethylated DNA (18-MER)
H: hydroxymethylated DNA (18-MER)
K: Homeobox protein CDX-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2063
ポリマ－19,2063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
2
B: hydroxymethylated DNA (18-MER)
I: hydroxymethylated DNA (18-MER)
C: Homeobox protein CDX-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2063
ポリマ－19,2063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
3
D: hydroxymethylated DNA (18-MER)
J: hydroxymethylated DNA (18-MER)
E: Homeobox protein CDX-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2063
ポリマ－19,2063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
4
F: hydroxymethylated DNA (18-MER)
L: hydroxymethylated DNA (18-MER)
G: Homeobox protein CDX-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2063
ポリマ－19,2063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.373, 64.669, 67.028
Angle α, β, γ (deg.)112.370, 108.110, 93.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22D
13A
23F
14B
24D
15B
25F
16D
26F
17K
27C
18K
28E
19K
29G
110C
210E
111C
211G
112E
212G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 39
2010B1 - 39
1020A1 - 39
2020D1 - 39
1030A1 - 39
2030F1 - 39
1040B1 - 39
2040D1 - 39
1050B1 - 39
2050F1 - 39
1060D1 - 39
2060F1 - 39
1070K183 - 242
2070C183 - 242
1080K185 - 242
2080E185 - 242
1090K183 - 243
2090G183 - 243
10100C185 - 243
20100E185 - 243
10110C183 - 242
20110G183 - 242
10120E185 - 242
20120G185 - 242

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: DNA鎖
hydroxymethylated DNA (18-MER)


分子量: 5503.560 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖
hydroxymethylated DNA (18-MER)


分子量: 5556.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質
Homeobox protein CDX-1 / ホメオボックス / Caudal-type homeobox protein 1


分子量: 8145.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDX1 / プラスミド: pETG20A / 詳細 (発現宿主): pETG20A-SBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47902
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, potassium chloride, magnesium chloride, PEG 200, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→42.18 Å / Num. obs: 14867 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 30774
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.78-2.930.693428221210.640.6380.944187.6
8.78-42.180.0268984510.9970.0240.03618.585.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LUX

5lux


解像度: 2.78→42.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 54.294 / SU ML: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2857 709 4.8 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2203 14157 90.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 290.45 Å2 / Biso mean: 81.18 Å2 / Biso min: 26.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7 Å23.78 Å2-0.02 Å2
2--3.36 Å20.75 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→42.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 2968 0 70 5215
Biso mean---58.02 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0125672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0193790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.3968063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4922.2158835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg26.666.678992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.06718.75152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.78615428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.441538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2460.243829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021252
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A35360.04
12B35360.04
21A35350.04
22D35350.04
31A35650.03
32F35650.03
41B35910.03
42D35910.03
51B35400.04
52F35400.04
61D35350.04
62F35350.04
71K20440.1
72C20440.1
81K19720.1
82E19720.1
91K20690.09
92G20690.09
101C20180.09
102E20180.09
111C20640.1
112G20640.1
121E19740.1
122G19740.1
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 53 -
Rwork0.455 946 -
obs--81.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8443-0.28140.01981.5373-0.15350.9395-0.14730.0849-0.1377-0.1481-0.0910.0607-0.04380.14780.23830.0976-0.1450.05960.3477-0.06240.3704-7.156818.7467-20.2358
23.4109-1.7905-1.52522.65670.14391.3482-0.2803-0.0914-0.00810.27530.1223-0.134-0.00240.04260.1580.0670.06370.00450.2894-0.02260.2151-6.159216.990418.2277
33.4705-2.1676-0.05292.7442-0.19460.874-0.3798-0.4127-0.13370.23580.30080.1862-0.00460.07710.0790.06450.12340.03490.36780.02850.1957-10.540846.548219.0251
42.64520.5942-0.31381.88550.11210.9648-0.21720.00870.0033-0.1462-0.0165-0.1417-0.0211-0.17690.23370.0775-0.1053-0.00120.29810.0380.3781-9.375447.0668-19.5527
50.42130.84550.14052.79882.06234.83910.00850.0819-0.02120.26530.0642-0.18290.12480.2316-0.07260.1277-0.04650.03350.2489-0.0110.29960.961517.4148-10.117
60.9838-0.7241-1.08183.5496-1.05313.0113-0.0618-0.05410.0331-0.19720.04460.24650.1847-0.29330.01720.09380.02820.0280.2919-0.00610.2402-13.138317.11747.989
71.59950.32260.63044.9713-0.032.4766-0.0864-0.2603-0.0315-0.19660.2064-0.2362-0.06930.2345-0.120.06170.06480.02020.2964-0.00390.2007-2.852846.82968.4397
80.6520.3399-0.02242.429-1.63183.9268-0.04860.2071-0.01640.37060.07680.2915-0.1704-0.161-0.02820.0949-0.00650.01140.23360.00970.2614-17.45447.8539-9.3116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION1H1 - 18
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION2I1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION3D1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION3J1 - 18
7X-RAY DIFFRACTION4F1 - 18
8X-RAY DIFFRACTION4L1 - 18
9X-RAY DIFFRACTION5K183 - 243
10X-RAY DIFFRACTION6C183 - 243
11X-RAY DIFFRACTION7E185 - 243
12X-RAY DIFFRACTION8G183 - 243

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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