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- PDB-7q3a: Crystal structure of MAB_4324 a tandem repeat GNAT from Mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3a
タイトルCrystal structure of MAB_4324 a tandem repeat GNAT from Mycobacterium abscessus
要素Putative acetyltransferase, GNAT
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / N-acetyltransferase / acetyl-CoA (アセチルCoA)
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / 酢酸塩 / 補酵素A / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NDP / Putative acetyltransferase, GNAT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Blaise, M. / Alsarraf, M.A.B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: Biochemical, structural, and functional studies reveal that MAB_4324c from Mycobacterium abscessus is an active tandem repeat N-acetyltransferase.
著者: Alsarraf, H.M.A.B. / Ung, K.L. / Johansen, M.D. / Dimon, J. / Olieric, V. / Kremer, L. / Blaise, M.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetyltransferase, GNAT
B: Putative acetyltransferase, GNAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,45413
ポリマ－78,3402
非ポリマー5,11411
水15,493860
1
A: Putative acetyltransferase, GNAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6486
ポリマ－39,1701
非ポリマー2,4785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative acetyltransferase, GNAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8067
ポリマ－39,1701
非ポリマー2,6366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.960, 149.960, 183.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative acetyltransferase, GNAT /


分子量: 39170.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543
遺伝子: MAB_4324c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MJN9

-
非ポリマー , 8種, 871分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 860 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M Ammonium sulphate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 2% w/v polyethylene glycol (PEG) 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 80802 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 38.3 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 8058 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 0.87 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→49.09 Å / SU ML: 0.1773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.02
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 1969 2.47 %
Rwork0.1862 77651 -
obs0.1871 79620 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5378 0 323 867 6568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99388119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0838851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00891038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2632062
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.24821420.18325615X-RAY DIFFRACTION99.97
2.05-2.110.21511440.1815642X-RAY DIFFRACTION99.98
2.11-2.170.21311420.18055639X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.240.24611260.23154955X-RAY DIFFRACTION87.47
2.24-2.320.323970.26963897X-RAY DIFFRACTION69.1
2.32-2.410.22941450.17685664X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.520.22261430.17415666X-RAY DIFFRACTION99.98
2.52-2.650.23071440.18075688X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.820.21711450.18825709X-RAY DIFFRACTION99.98
2.82-3.040.22341450.19555723X-RAY DIFFRACTION99.98
3.04-3.340.23641470.18335743X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.830.21961460.1875753X-RAY DIFFRACTION99.38
3.83-4.820.20531470.15985823X-RAY DIFFRACTION99.58
4.82-49.090.22651560.19556134X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93047638920.205462797577-0.1558005539031.52863441585-0.1018622955451.573141605910.0220981567817-0.0409215686206-0.108241067010.178926133874-0.003862516807870.14791622230.0407515001842-0.137194090013-0.03490749598010.1900304867510.002652594677560.006988981996340.2384969226070.01268123091320.169337040586-11.541117205266.127714335411.7204753073
22.28854681828-0.4768252697970.5840995233651.96987450333-0.6649430115872.2396385669-0.0223481543558-0.0578619624009-0.1175893721160.1488390777440.008698434732020.01332611600880.0589315164277-0.04747489874440.01144850237550.178367907637-0.003945460753710.02366192255340.192903431981-0.006414643090280.143089862947-10.4836323868.31899598317.92937367
32.06032421472-0.828692620642-0.6195034637340.8284141658980.11558190360.460645360274-0.094402234328-0.0174851256384-0.1445762164530.1287582357560.006986899095980.02508573727190.0541497004311-0.008766548573770.09073565316820.166299992918-0.0216338544433-0.02012304743220.2178478140430.006192562034230.188452527919.7864544744857.067546155815.4618877175
42.07996019724-0.7948633803570.2095639109913.54837181221-1.576135194663.07184614003-0.0643997614669-0.136640785331-0.2928517490520.1564599767160.1307103126340.1110951156980.100419743667-0.0472667471121-0.08365753063450.1114207202070.009219751222750.02011911707480.1919614116670.02363129172750.20052767067714.932090738655.007966321912.5602873742
52.3202650677-0.821172624057-0.8327981239320.7121348172040.3437575035641.09411728701-0.0634646298457-0.117162819380.1902031399680.1216854068760.0566766714563-0.2156506904580.07847903718590.131130525-0.01493468385580.195420662842-0.000372389115051-0.03792052906980.2208418015280.002641451512380.22539725936616.204702673663.637997160215.2803104174
62.25183768937-0.3494880189840.03103007709791.146858726580.339380048431.41356574821-0.0707627130890.10873121472-0.178335250328-0.1030331901710.0750351858008-0.2798321181510.0626474110930.3806411818610.0002794175406830.159404219040.01500700092540.03015101383720.300632192655-0.01414540032530.20940437380218.258209219964.646078766-18.5684071341
73.228476882290.0432267521138-0.5014688447454.647191527972.059272751563.29187157594-0.1259052164470.440920439149-0.323403872504-0.09174623610720.096513999252-0.177757105410.2494855958850.232807550228-0.008195639952930.2040321375580.01011629122080.0334893114710.2802988613590.001587573051170.15225698730114.559534172164.9927456086-28.7399383194
82.795982740670.58538843934-0.5894186185530.838134497829-0.1791745312420.803845031158-0.1500129067560.0869813052894-0.274254861101-0.1556755832570.074213854632-0.1666232855310.06499595565260.1049777703270.06990969788780.1898848735430.003021614085390.008847018443680.208384517104-0.02989881632680.183629574312-4.828117180558.2648666702-23.6564070349
91.732706968821.708418355330.05614237830398.379337428872.117617490052.22375956256-0.146520522988-0.00380318376687-0.890569418067-0.1995063541050.1216676074570.1251337452010.1677695400660.07409798695780.02231583694070.1524792272920.028330793460.03918897982580.2075730166560.01959943266730.39943926661-10.627468377547.5492715798-16.1127247218
102.271118219020.533419449952-0.07146691009560.831431042441-0.2581996788840.783807005859-0.06089830585910.0787262357187-0.159143012148-0.1124507191340.0405781605694-0.003117867224240.06962386051960.01518359738970.0270095543140.1579527075310.006665611104270.006966451714480.169272810685-0.009896455519550.164789145527-10.416352017261.4783982217-20.8893020842
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 11 through 77 )AA11 - 771 - 67
22chain 'A' and (resid 78 through 160 )AA78 - 16068 - 150
33chain 'A' and (resid 161 through 252 )AA161 - 252151 - 242
44chain 'A' and (resid 253 through 297 )AA253 - 297243 - 284
55chain 'A' and (resid 298 through 352 )AA298 - 352285 - 339
66chain 'B' and (resid 12 through 100 )BE12 - 1001 - 89
77chain 'B' and (resid 101 through 160 )BE101 - 16090 - 149
88chain 'B' and (resid 161 through 238 )BE161 - 238150 - 227
99chain 'B' and (resid 239 through 258 )BE239 - 258228 - 246
1010chain 'B' and (resid 259 through 352 )BE259 - 352247 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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