+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pyr | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the adenosine A2A receptor (A2A-PSB1-bRIL) in complex with preladenant conjugate PSB-2115 | ||||||||||||
要素 | Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / A2A / G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / adenosine receptor (アデノシン受容体) / preladenant | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / response to caffeine / 中間径フィラメント / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / central nervous system development / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / 電子伝達系 / positive regulation of apoptotic signaling pathway / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / ペリプラズム / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / 樹状突起 / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Claff, T. / Klapschinski, T.A. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Vaassen, V.J. / Schlegel, J.G. / Vielmuth, C. / Voss, J.H. / Labahn, J. / Muller, C.E. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022 タイトル: Single Stabilizing Point Mutation Enables High-Resolution Co-Crystal Structures of the Adenosine A 2A Receptor with Preladenant Conjugates. 著者: Claff, T. / Klapschinski, T.A. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Vaassen, V.J. / Schlegel, J.G. / Vielmuth, C. / Voss, J.H. / Labahn, J. / Muller, C.E. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pyr.cif.gz | 230.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7pyr.ent.gz | 160.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pyr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/7pyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/7pyr | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 50016.379 Da / 分子数: 1 / 変異: S91K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7 |
---|
-非ポリマー , 6種, 236分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-8IM / | #4: 化合物 | ChemComp-OLA / #5: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 24% (v/v) PEG-400 (polyethylene glycol 400, average molecular weight 400), 10-30 mM sodium thiocyanate, 100 mM sodium citrate pH 5.2, and 2% (v/v) 2,5-hexanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal (Si-111 and Si-113 reflection) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.03 Å / Num. obs: 15875 / % possible obs: 97.92 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 39.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 1545 / CC1/2: 0.585 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: A2A model with PSB-2113 ligand 解像度: 2.6→45.03 Å / SU ML: 0.2894 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.9701 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.03 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|