[日本語] English
万見
- PDB-7pxy: Crystal structure of Arabidopsis thaliana 5-enol-pyruvyl-shikimat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pxy
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana 5-enol-pyruvyl-shikimate-3-phosphate synthase (EPSPS) in open conformation
要素3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, chloroplastic3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / glyphosate / herbicide design / EPSP synthase (3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / 葉緑体 / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 葉緑体
類似検索 - 分子機能
EPSP synthase signature 1. / 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ruszkowski, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Deciphering the structure of Arabidopsis thaliana 5- enol -pyruvyl-shikimate-3-phosphate synthase: An essential step toward the discovery of novel inhibitors to supersede glyphosate.
著者: Ruszkowski, M. / Forlani, G.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9323
ポリマ－47,8731
非ポリマー602
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.410, 108.410, 156.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1131-

HOH

21A-1159-

HOH

31A-1164-

HOH

41A-1168-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, chloroplastic / 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / AtEPSPS


分子量: 47872.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g45300, F4L23.19 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P05466, 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 75% of Index G12 (0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES pH 7.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350) + 10 mM glyphosate 2+2 drop Cryoprotection: Index G12+20% ethylene glycol; 0.5 ul ...詳細: 75% of Index G12 (0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES pH 7.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350) + 10 mM glyphosate 2+2 drop Cryoprotection: Index G12+20% ethylene glycol; 0.5 ul of 200 mM glyphosate was added to 10 ul of cryo solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→80 Å / Num. obs: 92087 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 22.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 14710 / CC1/2: 0.784 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3nvs

3nvs


解像度: 1.4→47.08 Å / SU ML: 0.1729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Anisotropic refinement of ADPs,
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1898 1012 1.1 %
Rwork0.1517 91062 -
obs0.1521 92074 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 0 2 478 3807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0134613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0936545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.69661263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.470.31771420.24812812X-RAY DIFFRACTION99.66
1.47-1.560.2171430.174912872X-RAY DIFFRACTION99.98
1.56-1.680.21491440.150312915X-RAY DIFFRACTION99.99
1.68-1.850.19061440.144812946X-RAY DIFFRACTION99.99
1.85-2.120.18261440.141212976X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.670.20461460.162913086X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-47.080.17491490.144813455X-RAY DIFFRACTION99.79

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る