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- PDB-7psx: Structure of HOXB13 bound to hydroxymethylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7psx
タイトルStructure of HOXB13 bound to hydroxymethylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
  • Homeobox protein Hox-B13ホメオボックス
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / transcription (転写 (生物学)) / hydroxymethylation / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / transcription factor (転写因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / response to testosterone / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epidermis development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 血管新生 ...epithelial cell maturation involved in prostate gland development / methyl-CpG binding / regulation of growth / response to testosterone / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epidermis development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / sequence-specific double-stranded DNA binding / 血管新生 / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / Hox protein A13 N terminal / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein Hox-B13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of HOXB13 bound to hydroxymethylated DNA
著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
履歴
登録2021年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Hox-B13
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
B: Homeobox protein Hox-B13
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
G: Homeobox protein Hox-B13
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
J: Homeobox protein Hox-B13
K: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,93614
ポリマ－73,88812
非ポリマー492
水6,413356
1
A: Homeobox protein Hox-B13
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4964
ポリマ－18,4723
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
2
B: Homeobox protein Hox-B13
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4964
ポリマ－18,4723
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
3
G: Homeobox protein Hox-B13
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4723
ポリマ－18,4723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
4
J: Homeobox protein Hox-B13
K: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4723
ポリマ－18,4723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.153, 55.541, 101.080
Angle α, β, γ (deg.)88.020, 81.460, 84.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22G
13A
23J
14C
24D
15C
25H
16C
26K
17F
27E
18F
28I
19F
29L
110B
210G
111B
211J
112D
212H
113D
213K
114E
214I
115E
215L
116G
216J
117H
217K
118I
218L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSALAALAAA218 - 2762 - 60
21LYSLYSALAALABD218 - 2762 - 60
12ARGARGLEULEUAA217 - 2751 - 59
22ARGARGLEULEUGG217 - 2751 - 59
13LYSLYSVALVALAA218 - 2742 - 58
23LYSLYSVALVALJJ218 - 2742 - 58
14DTDTDCDCCB1 - 181 - 18
24DTDTDCDCDE1 - 181 - 18
15DTDTDCDCCB1 - 181 - 18
25DTDTDCDCHH1 - 181 - 18
16DTDTDCDCCB1 - 181 - 18
26DTDTDCDCKK1 - 181 - 18
17DGDGDADAFC1 - 181 - 18
27DGDGDADAEF1 - 181 - 18
18DGDGDADAFC1 - 181 - 18
28DGDGDADAII1 - 181 - 18
19DGDGDADAFC1 - 181 - 18
29DGDGDADALL1 - 181 - 18
110LYSLYSLEULEUBD218 - 2752 - 59
210LYSLYSLEULEUGG218 - 2752 - 59
111LYSLYSVALVALBD218 - 2742 - 58
211LYSLYSVALVALJJ218 - 2742 - 58
112DTDTDCDCDE1 - 181 - 18
212DTDTDCDCHH1 - 181 - 18
113DTDTDCDCDE1 - 181 - 18
213DTDTDCDCKK1 - 181 - 18
114DGDGDADAEF1 - 181 - 18
214DGDGDADAII1 - 181 - 18
115DGDGDADAEF1 - 181 - 18
215DGDGDADALL1 - 181 - 18
116LYSLYSVALVALGG218 - 2742 - 58
216LYSLYSVALVALJJ218 - 2742 - 58
117DTDTDCDCHH1 - 181 - 18
217DTDTDCDCKK1 - 181 - 18
118DGDGDADAII1 - 181 - 18
218DGDGDADALL1 - 181 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

-
要素

#1: タンパク質
Homeobox protein Hox-B13 / ホメオボックス


分子量: 7411.749 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 217-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOXB13 / プラスミド: pETG20A-SBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92826
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5543.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*CP*TP*5HCP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5516.636 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 27% PEG 1000, 8% PEG 200, 0.15M KCl, 0.1M MgCl2, 0.05M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月23日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.85 Å / Num. obs: 55783 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Rpim(I) all: 0.158 / Rrim(I) all: 0.326 / Net I/σ(I): 2.4 / Num. measured all: 222658 / Scaling rejects: 66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.97-2.023.25.7761014231470.0743.7286.9220.377.7
9.05-48.854.10.16223405750.9810.0860.1846.497.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.47 Å47.95 Å
Translation3.47 Å47.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EDN

5edn


解像度: 2→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 11.008 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 1603 2.9 %RANDOM
Rwork0.2601 ---
obs0.2608 52887 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200.9 Å2 / Biso mean: 40.422 Å2 / Biso min: 13.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å2-0.63 Å22.26 Å2
2---1.05 Å2-0.69 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2039 2968 2 356 5365
Biso mean--46.92 36.34 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0193826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.3857895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4482.2078948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1915247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.70618.201139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.01115489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0231536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021191
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A19620.07
12B19620.07
21A19580.08
22G19580.08
31A19210.07
32J19210.07
41C15220.08
42D15220.08
51C15360.06
52H15360.06
61C15320.06
62K15320.06
71F15610.02
72E15610.02
81F15660.03
82I15660.03
91F15580.03
92L15580.03
101B20160.07
102G20160.07
111B19980.06
112J19980.06
121D15870.05
122H15870.05
131D15730.05
132K15730.05
141E15620.03
142I15620.03
151E15560.03
152L15560.03
161G20120.07
162J20120.07
171H15840.02
172K15840.02
181I15640.05
182L15640.05
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 103 -
Rwork0.409 3881 -
all-3984 -
obs--97.67 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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