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Yorodumi- PDB-7psg: Structure of the ligand binding domain of the PacA (ECA2226) chem... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7psg | |||||||||
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Title | Structure of the ligand binding domain of the PacA (ECA2226) chemoreceptor of Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 in complex with betaine. | |||||||||
Components | Methyl-accepting chemotaxis proteinMethyl-accepting chemotaxis proteins | |||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pectobacterium atrosepticum / chemotactic transducer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / membrane => GO:0016020 / signal transduction / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.91 Å | |||||||||
Authors | Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Velando, F. / Krell, T. | |||||||||
Funding support | Spain, 2items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: Chemotaxis of the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa to the Neurotransmitter Acetylcholine. Authors: Matilla, M.A. / Velando, F. / Tajuelo, A. / Martin-Mora, D. / Xu, W. / Sourjik, V. / Gavira, J.A. / Krell, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7psg.cif.gz | 746.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7psg.ent.gz | 523.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7psg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7prqC 7prrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33223.051 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (bacteria) Strain: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / Gene: ECA2226 / Plasmid: PET28B+ Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q6D515 #2: Chemical | ChemComp-BET / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Nov 12, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.91→61.45 Å / Num. obs: 91911 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 270640 / Scaling rejects: 316 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: RoseTTAFold Resolution: 1.91→39.99 Å / SU ML: 0.2536 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.8428 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.91→39.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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