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- PDB-7ps1: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ps1
タイトルCrystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-27 Fab
要素
  • Beta-27 Fab heavy chain
  • Beta-27 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 alpha variant (SARSコロナウイルス2-アルファ株) / beta variant (SARSコロナウイルス2-ベータ株) / gamma variant (SARSコロナウイルス2-ガンマ株) / delta variant / B.1.1.7 (SARSコロナウイルス2-アルファ株) / B.1.351 (SARSコロナウイルス2-ベータ株) / P.1 / B.1.617.2 (SARSコロナウイルス2-デルタ株) / antibody (抗体) / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/ N00065X/1 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: The antibody response to SARS-CoV-2 Beta underscores the antigenic distance to other variants.
著者: Chang Liu / Daming Zhou / Rungtiwa Nutalai / Helen M E Duyvesteyn / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Wanwisa Dejnirattisai / Piyada Supasa / Alexander J Mentzer / Beibei Wang / James ...著者: Chang Liu / Daming Zhou / Rungtiwa Nutalai / Helen M E Duyvesteyn / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Wanwisa Dejnirattisai / Piyada Supasa / Alexander J Mentzer / Beibei Wang / James Brett Case / Yuguang Zhao / Donal T Skelly / Rita E Chen / Sile Ann Johnson / Thomas G Ritter / Chris Mason / Tariq Malik / Nigel Temperton / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Daniel K Clare / Andrew Howe / Philip J R Goulder / Elizabeth E Fry / Michael S Diamond / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape ...Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape from natural or vaccine-induced immunity. Beta is particularly difficult to neutralize using serum induced by early pandemic SARS-CoV-2 strains and is most antigenically separated from Delta. To understand this, we generated 674 mAbs from Beta-infected individuals and performed a detailed structure-function analysis of the 27 most potent mAbs: one binding the spike N-terminal domain (NTD), the rest the receptor-binding domain (RBD). Two of these RBD-binding mAbs recognize a neutralizing epitope conserved between SARS-CoV-1 and -2, while 18 target mutated residues in Beta: K417N, E484K, and N501Y. There is a major response to N501Y, including a public IgVH4-39 sequence, with E484K and K417N also targeted. Recognition of these key residues underscores why serum from Beta cases poorly neutralizes early pandemic and Delta viruses.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Spike protein S1
A: Beta-27 Fab heavy chain
B: Beta-27 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,76018
ポリマ－70,3093
非ポリマー1,45115
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.396, 85.745, 57.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#2: 抗体 Beta-27 Fab heavy chain


分子量: 23532.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Beta-27 Fab light chain


分子量: 23129.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23646.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 144分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium iodide, 0.1 M MES pH 6.5 and 25% (w/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→95 Å / Num. obs: 35126 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 16.7 % / Biso Wilson estimate: 48.65 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1395 / CC1/2: 0.599

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.19_4092データ収集
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NXA

7nxa


解像度: 2.4→56.62 Å / SU ML: 0.3164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.8132
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 1642 4.77 %
Rwork0.1839 32810 -
obs0.1854 34452 94.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→56.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4757 0 60 130 4947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00364928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6526690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.74741762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.3322950.31671925X-RAY DIFFRACTION67.47
2.47-2.550.32691110.29622352X-RAY DIFFRACTION82.96
2.55-2.640.31371340.27332661X-RAY DIFFRACTION91.79
2.64-2.750.30641320.24512760X-RAY DIFFRACTION96.27
2.75-2.870.26811440.21352886X-RAY DIFFRACTION99.38
2.87-3.020.25861400.21122864X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.210.25911430.20812870X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.460.19991660.18972831X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.810.21191520.16972883X-RAY DIFFRACTION99.97
3.81-4.360.17681360.1532905X-RAY DIFFRACTION100
4.36-5.490.16581440.13882904X-RAY DIFFRACTION100
5.49-56.620.1991450.17622969X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.554391964520.1745600374830.1175116834684.211568331890.006421096303684.490603455310.09428008276160.4176642464870.493624599324-0.595793012848-0.175737333535-1.15416148963-0.7384661289930.5858538854860.04692185803610.536733240842-0.03822822920760.1598767942160.5666559341590.002987345239930.76251311213876.1601899321-30.267641097911.6436129604
22.72686730463-0.1940366678080.7180802919623.396948256850.05358970337025.259625648990.0109957863880.1172729450460.2101694607170.08906944416380.00605216074938-0.628787542657-0.4614949332120.432662816836-0.04289820627260.3447298299580.03027524167360.04309562434040.3445850515050.003823874385540.45096348103566.7794724331-33.325068475617.5239943818
32.887414859411.31998233525-0.7534860758131.202532782340.2875736690441.74232472699-0.1706434886070.0240813522237-0.739123180952-0.109313741670.0560013618144-0.1030038843620.375492998883-0.05440535721360.07369497306530.4590191046610.0313459736442-0.01228043555370.360684142771-0.06446113914550.49849459384655.5047372427-50.811362271218.6390580986
42.719092976360.07884160558781.197107634585.16377422084-0.4013481000865.285637909820.2043493636310.4897014569130.2108326778610.275138772435-0.199263282264-1.16152203811-0.03367207604340.7313056251780.01045270459940.446427106499-0.04958258734370.05992195532160.357226867210.01544713632930.56092717171269.8313577184-31.386928675814.5125092593
54.09742246365-1.6447841979-1.933330124744.106000160431.780652653526.45798005134-0.0628352914332-0.249910192533-0.3650438020160.659146365751-0.2145625625560.3026596242980.599927414172-0.6250410846460.4706102345840.2948516363230.05951182769850.02322443846320.3730858606440.07860127725820.32695103389936.1882741067-41.979278572641.1865156397
63.4195804492-0.517084547063-1.73551470892.181791384921.177660696054.11159505002-0.126256682378-0.185958918171-0.5083145580730.635218475607-0.2437976940110.01619330443550.560141821465-0.16050022150.1507320870280.3534316907950.08130995478630.02596154885720.3639283750190.03996311444170.33274317781743.2561166089-44.266003984833.3177496326
73.593379304380.949639178191-1.138839733520.3751440307560.4663725464894.099484522140.0100837366775-0.2317289467830.206969641654-0.03607049887350.09934491942010.0102989719485-0.2397459757590.167607965962-0.04528532486050.4155809678270.001707954016790.001607114060190.304177494758-0.01412089603310.32168082421644.8257832591-35.063291703931.1254779505
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'E' and (resid 334 through 380 )EA334 - 3801 - 47
22chain 'E' and (resid 381 through 459 )EA381 - 45948 - 126
33chain 'E' and (resid 460 through 494 )EA460 - 494127 - 161
44chain 'E' and (resid 495 through 527 )EA495 - 527162 - 194
55chain 'A' and (resid 1 through 17 )AE1 - 171 - 17
66chain 'A' and (resid 18 through 39 )AE18 - 3918 - 39
77chain 'A' and (resid 40 through 59 )AE40 - 5940 - 59
88chain 'A' and (resid 60 through 72 )AE60 - 7260 - 72
99chain 'A' and (resid 73 through 90 )AE73 - 9073 - 90
1010chain 'A' and (resid 91 through 113 )AE91 - 11391 - 113
1111chain 'A' and (resid 114 through 138 )AE114 - 138114 - 133
1212chain 'A' and (resid 139 through 149 )AE139 - 149134 - 144
1313chain 'A' and (resid 150 through 161 )AE150 - 161145 - 156
1414chain 'A' and (resid 162 through 193 )AE162 - 193157 - 188
1515chain 'A' and (resid 194 through 207 )AE194 - 207189 - 202
1616chain 'A' and (resid 208 through 220 )AE208 - 220203 - 215
1717chain 'B' and (resid 1 through 30 )BH1 - 301 - 30
1818chain 'B' and (resid 31 through 49 )BH31 - 4931 - 49
1919chain 'B' and (resid 50 through 121 )BH50 - 12150 - 121
2020chain 'B' and (resid 122 through 137 )BH122 - 137122 - 137
2121chain 'B' and (resid 138 through 174 )BH138 - 174138 - 174
2222chain 'B' and (resid 175 through 213 )BH175 - 213175 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る