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- PDB-7pi6: Trypanosoma brucei ISG65 bound to human complement C3d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pi6
タイトルTrypanosoma brucei ISG65 bound to human complement C3d
要素
  • 65 kDa invariant surface glycoprotein
  • Complement C3dg fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / innate immunity (自然免疫系) / host-pathogen / sleeping sickness (アフリカ睡眠病)
機能・相同性
機能・相同性情報


oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / plasma membrane organization / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / plasma membrane organization / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / membrane => GO:0016020 / 免疫応答 / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Trypanosome invariant surface glycoprotein / Invariant surface glycoprotein / : / : / Complement component 3, CUB domain 2 / Complement component 3, CUB domain 1 / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 ...Trypanosome invariant surface glycoprotein / Invariant surface glycoprotein / : / : / Complement component 3, CUB domain 2 / Complement component 3, CUB domain 1 / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C3 / 65 kDa invariant surface glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cook, A.D. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Invariant surface glycoprotein 65 of Trypanosoma brucei is a complement C3 receptor.
著者: Macleod, O.J.S. / Cook, A.D. / Webb, H. / Crow, M. / Burns, R. / Redpath, M. / Seisenberger, S. / Trevor, C.E. / Peacock, L. / Schwede, A. / Kimblin, N. / Francisco, A.F. / Pepperl, J. / ...著者: Macleod, O.J.S. / Cook, A.D. / Webb, H. / Crow, M. / Burns, R. / Redpath, M. / Seisenberger, S. / Trevor, C.E. / Peacock, L. / Schwede, A. / Kimblin, N. / Francisco, A.F. / Pepperl, J. / Rust, S. / Voorheis, P. / Gibson, W. / Taylor, M.C. / Higgins, M.K. / Carrington, M.
履歴
登録2021年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 65 kDa invariant surface glycoprotein
B: Complement C3dg fragment
C: 65 kDa invariant surface glycoprotein
D: Complement C3dg fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,74310
ポリマ－154,1634
非ポリマー5816
水1,08160
1
A: 65 kDa invariant surface glycoprotein
B: Complement C3dg fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3585
ポリマ－77,0812
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 65 kDa invariant surface glycoprotein
D: Complement C3dg fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3865
ポリマ－77,0812
非ポリマー3043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.947, 189.578, 73.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 65 kDa invariant surface glycoprotein


分子量: 44369.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (ブルーストリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.2.3270
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q587F5
#2: タンパク質 Complement C3dg fragment


分子量: 32711.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3, CPAMD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01024
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / ジエチレングリコールモノメチルエーテル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6, 0.2 M MgCl2, 20% PEG 6000 with sliver bullet HR2-996-55

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→94.79 Å / Num. obs: 43218 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.875 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Num. unique obs: 4392 / CC1/2: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (20-APR-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3D

1c3d


解像度: 2.6→94.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.833 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.766 / SU R Cruickshank DPI: 0.585 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.523 / SU Rfree Blow DPI: 0.332 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.347
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 2065 4.79 %RANDOM
Rwork0.2677 ---
obs0.2698 43143 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 104.22 Å2 / Biso mean: 51.08 Å2 / Biso min: 4.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.6912 Å20 Å2-5.6724 Å2
2---26.9724 Å20 Å2
3---15.2812 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→94.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7859 0 38 60 7957
Biso mean--58.54 34.09 -
残基数----996
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2862SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1365HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8039HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1019SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5928SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8039HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10832HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.44
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3841 49 5.68 %
Rwork0.363 814 -
all0.3642 863 -
obs--95.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9708-3.17330.47975.0846-0.28670.44470.14570.1713-0.0966-0.1502-0.16030.0736-0.0012-0.07510.0146-0.21390.0070.0433-0.34190.0506-0.2586-25.752196.162837.7472
22.421-0.12060.09451.91890.3981.389-0.0362-0.09650.1509-0.0596-0.03060.0262-0.077-0.00460.0668-0.3365-0.00890.0477-0.3251-0.0153-0.2444-1.7304102.95556.8582
31.3242-2.1013-0.24253.5378-0.0581.00950.05090.22570.090.0506-0.02490.04820.15350.1365-0.0259-0.1840.0280.0276-0.2706-0.0522-0.345413.788569.97371.722
42.1997-0.1493-0.59881.2667-0.41361.5573-0.0192-0.0445-0.1158-0.128-0.06290.01940.0588-0.00320.0821-0.3476-0.00590.019-0.36060.0101-0.1744-7.261360.22619.8798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A27 - 316
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B996 - 1285
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C38 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D997 - 1285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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