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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p9y | ||||||
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タイトル | N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides compexed with alpha-N-acetylglucosamine | ||||||
要素 | Ubiquitin-like protein SMT3,N-acetyl-D-glucosamine kinase | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / N-acetylglucosamine recycling / carbohydrate kinase / ROK kinase. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylglucosamine kinase / N-acetylglucosamine kinase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors ...N-acetylglucosamine kinase / N-acetylglucosamine kinase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / peptidoglycan turnover / SUMOylation of DNA replication proteins / セプチン / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / PML body / protein tag activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Plesiomonas shigelloides 302-73 (プレシオモナス・シゲロイデス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Roy, S. / Isupov, M.N. / Harmer, N.J. / Ames, J.R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Spinning sugars in antigen biosynthesis: characterization of the Coxiella burnetii and Streptomyces griseus TDP-sugar epimerases 著者: Cross, A.R. / Roy, S. / Vivoli Vega, M. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Cliff, M. / Salmon, D. / Isupov, M.N. / Field, R.A. / Prior, J.L. / Harmer, N.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p9y.cif.gz | 153.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p9y.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7p9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: -1 - 302 / Label seq-ID: 114 - 417
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 45960.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Plesiomonas shigelloides 302-73 (プレシオモナス・シゲロイデス) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, nagK, PLESHI_11010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q12306, UniProt: R8APY9, N-acetylglucosamine kinase #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 8種, 302分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-PEG / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 90 mM halogens; 0.1 M Na-HEPES/MOPS pH 7.5; 12.5% each MPD, PEG 1K, PEG 3350 Condition B8 of Morpheus screen (Molecular Dimensions) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→57.74 Å / Num. obs: 68568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Num. unique obs: 4548 / CC1/2: 0.282 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DB3 解像度: 1.94→46.136 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.603 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have not been used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.854 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→46.136 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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