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- PDB-7p9x: Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p9x
タイトルStructure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase complexed with cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA
要素Short-chain acyl-CoA dehydrogenase短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / enzyme catalysis (酵素反応) / acyl-CoA dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ) / flavin / fatty acid oxidation (Β酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
1-monoenoyl-CoA / フラビンアデニンジヌクレオチド / 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ermler, U. / Weidenweber, S. / Boll, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)spp1319 (er222/5-1) ドイツ
German Research Foundation (DFG)rtg 1976 (235777276) ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Cyclic 1,3-Diene Forming Acyl-Coenzyme A Dehydrogenases.
著者: Kung, J.W. / Meier, A.K. / Willistein, M. / Weidenweber, S. / Demmer, U. / Ermler, U. / Boll, M.
履歴
登録2021年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
C: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
D: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,63119
ポリマ－178,3414
非ポリマー7,29015
水19,6001088
1
A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,53918
ポリマ－178,3414
非ポリマー7,19714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area21290 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area49030 Å2
手法PISA
2
C: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,72320
ポリマ－178,3414
非ポリマー7,38216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_456-x-1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area21850 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area48940 Å2
手法PISA
3
D: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,72320
ポリマ－178,3414
非ポリマー7,38216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area18270 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area52880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.910, 333.850, 76.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-503-

GOL

21B-747-

HOH

31B-860-

HOH

41C-681-

HOH

51C-913-

HOH

61C-923-

HOH

71D-696-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Short-chain acyl-CoA dehydrogenase / 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ


分子量: 44585.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (バクテリア)
株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: Gmet_3306 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39QF5
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-4KW / 1-monoenoyl-CoA / Cyclohex-1-ene-1-carbonyl-CoA / 1-シクロヘキセニルカルボニルCoA


分子量: 875.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG6000, 0.3 M sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48.25 Å / Num. obs: 245150 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 7.075 % / Biso Wilson estimate: 24.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 20.57 / Num. measured all: 1734324 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.65-1.755.5090.7722.3215213442343276160.6760.85265.2
1.75-1.96.9330.4774.4131208347987450170.90.51593.8
1.9-2.27.4440.20910.1445147961131606490.9820.22499.2
2.2-2.77.4140.0872237686051038508280.9960.09399.6
2.7-3.47.3230.04338.222060730198301260.9990.04699.8
3.4-4.67.3530.02660.2213394818256182160.9990.02899.8
4.6-5.97.0240.02363.38462156595658010.02499.8
5.9-87.0530.02162.08254113604360310.023100
8-125.9950.01765.07103711746173010.01999.1
12-48.256.6450.01657.02521680678510.01797.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7p98

7p98


解像度: 1.65→48.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 12200 4.98 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 245146 93 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.17 Å2 / Biso mean: 29.72 Å2 / Biso min: 7.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5556 Å20 Å20 Å2
2---1.264 Å20 Å2
3----0.2916 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11387 0 478 1089 12954
Biso mean--32.11 35.59 -
残基数----1511
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4364SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1775HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12279HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1632SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16245SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12279HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16683HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.33
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 577 5.04 %
Rwork0.274 10869 -
all0.275 11446 -
obs--59.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54160.31530.11622.9114-0.49161.9927-0.07140.03870.23330.0120.0364-0.1533-0.2730.14560.0350.0174-0.00130.0031-0.0649-0.0115-0.0662-40.5789-59.79477.2856
20.30610.1524-0.12250.6895-0.04780.47520.0046-0.02550.14210.10860.00250.1581-0.2118-0.0886-0.00710.03770.06990.0295-0.0838-0.024-0.0176-55.7418-57.98263.7335
31.26710.37860.06271.40990.23972.07450.0235-0.11450.03260.181-0.09030.4067-0.0822-0.38360.0668-0.08010.06440.09-0.0051-0.04030.0327-72.2052-67.02896.3659
40.3105-0.402-0.82731.10321.22481.1025-0.00310.05420.0540.23280.07850.10780.0135-0.1474-0.07540.01730.04230.0708-0.0242-0.005-0.0241-55.5684-75.505711.5228
50.4405-0.05310.09990.72450.02070.59730.0418-0.02750.01970.0316-0.03820.0663-0.1138-0.0282-0.0036-0.02520.02560.0069-0.0762-0.003-0.0488-46.8992-68.3336-5.3402
60.8002-0.40040.49160.6092-0.21460.8367-0.0074-0.02870.04320.0344-0.01840.009-0.0533-0.06080.0258-0.01340.03190.013-0.0146-0.0074-0.0028-47.655-74.7292-8.1379
70.08190.9796-1.02572.26532.6581.0709-0.026-0.01560.16380.13680.05010.0406-0.1816-0.1416-0.02410.10180.1188-0.0407-0.1066-0.04130.0415-47.2909-52.2278-36.2951
81.5571.2853-0.22831.770.13250.9919-0.02470.05850.1078-0.2103-0.00320.1699-0.0625-0.07530.02790.01810.0292-0.0092-0.0330.0167-0.0521-43.7135-65.1771-50.1451
90.5119-0.1678-0.11450.69-0.23090.62240.01670.04740.1765-0.0374-0.006-0.1151-0.21380.0497-0.01070.0081-0.00870.0217-0.06870.010.0002-29.8909-58.2138-40.8175
101.6817-0.13770.2510.92430.08441.1333-0.02210.110.0522-0.0846-0.0613-0.2233-0.04920.18010.0834-0.0724-0.00640.05620.00020.02210.0311-13.8429-67.7659-43.6492
110.29550.4366-0.48691.8547-1.14860-0.0374-0.02710.065-0.02540.1028-0.1138-0.00850.136-0.0654-0.01450.00720.04870.0042-0.0051-0.0221-30.7127-75.907-48.6824
121.1911-0.13040.03470.4742-0.05030.35970.00250.0858-0.0324-0.0666-0.0308-0.1313-0.08250.08770.0282-0.01310.01010.0165-0.03640.0008-0.0108-30.0884-67.0038-37.2982
130.70940.5975-0.08151.30060.0330.61120.0335-0.06890.04620.0253-0.04590.1084-0.1102-0.07930.0123-0.02750.038-0.0019-0.0453-0.004-0.0256-51.1532-70.4064-24.5
141.13940.39560.44650.56050.0840.9708-0.0055-0.13520.0837-0.0525-0.07460.0612-0.1071-0.02340.0801-0.00470.02820.0114-0.0018-0.00820.0134-41.9046-74.1061-27.3961
150.27140.1020.32260.38760.14650.91230.01830.03010.002-0.05810.0054-0.0303-0.04590.0891-0.0237-0.02190.01360.0191-0.00740.0048-0.0025-35.7006-75.5323-30.2908
162.5022-1.58522.224800.77090.1640.0173-0.07910.00880.0805-0.0218-0.1322-0.08090.15750.0045-0.0614-0.0787-0.04880.09750.064-0.0138-55.12474.124620.7637
170.67420.2363-0.10630.5980.16460.49230.00190.0645-0.1057-0.0222-0.0118-0.18530.03530.25910.0099-0.01090.04380.01550.0082-0.006-0.0782-63.0886-9.345713.4294
180.91630.0195-0.00011.37730.13290.9588-0.03460.0506-0.2794-0.0141-0.0492-0.00590.20710.13580.08380.08510.08960.0271-0.0897-0.0357-0.0083-70.7211-29.243912.7975
190.3929-0.0623-0.030.03760.0340.55690.02050.0569-0.129-0.0517-0.0282-0.04440.13180.15090.00760.04410.04690.0072-0.0424-0.0126-0.061-72.4094-12.764216.3349
200.9601-0.82720.15711.7503-0.2880.9101-0.0147-0.06370.11680.02430.0297-0.0541-0.17780.1524-0.0150.0237-0.0249-0.0084-0.04720.0054-0.0764-74.61819.556831.9901
211.2428-1.04440.46912.265-0.89241.7086-0.0430.0003-0.03110.1167-0.0552-0.10990.05940.24270.09810.02520.0093-0.005-0.03870.0076-0.0823-73.6714-4.451631.5754
220.3521-0.01880.087600.05361.13480.02890.0458-0.0184-0.0707-0.0393-0.0190.10620.10580.01040.06040.01550.0101-0.0317-0.005-0.0416-79.38-5.255925.5351
230.2228-0.00050.67560-0.03580-0.004-0.006-0.00520.00590.01860.02090.004-0.0429-0.0146-0.0060.1514-0.0508-0.0569-0.0607-0.0027-31.05943.378120.0121
240.716-0.0122-0.10561.8987-0.43111.06160.0141-0.0908-0.3220.0718-0.08040.24660.1318-0.18320.0663-0.0096-0.05420.0362-0.09840.0022-0.0755-18.7646-18.182127.8692
250.5149-0.5172-0.246300.01410.82640.016-0.04660.0118-0.0155-0.10920.14290.0067-0.14860.09320.0638-0.0066-0.0153-0.0595-0.0063-0.1186-11.2837-1.064212.2781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|47 }A3 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|48 - A|132 }A48 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|133 - A|191 }A133 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|192 - A|209 }A192 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|210 - A|309 }A210 - 309
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|310 - A|380 }A310 - 380
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|3 - B|21 }B3 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|22 - B|47 }B22 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|48 - B|132 }B48 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|133 - B|191 }B133 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|192 - B|209 }B192 - 209
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|210 - B|266 }B210 - 266
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|267 - B|309 }B267 - 309
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|310 - B|343 }B310 - 343
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|344 - B|380 }B344 - 380
16X-RAY DIFFRACTION16{ C|3 - C|21 }C3 - 21
17X-RAY DIFFRACTION17{ C|22 - C|132 }C22 - 132
18X-RAY DIFFRACTION18{ C|133 - C|191 }C133 - 191
19X-RAY DIFFRACTION19{ C|192 - C|266 }C192 - 266
20X-RAY DIFFRACTION20{ C|267 - C|306 }C267 - 306
21X-RAY DIFFRACTION21{ C|307 - C|337 }C307 - 337
22X-RAY DIFFRACTION22{ C|338 - C|380 }C338 - 380
23X-RAY DIFFRACTION23{ D|3 - D|21 }D3 - 21
24X-RAY DIFFRACTION24{ D|22 - D|229 }D22 - 229
25X-RAY DIFFRACTION25{ D|230 - D|380 }D230 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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