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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p9r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CD73 in complex with GMP in the open form | ||||||
要素 | 5'-nucleotidase5'-ヌクレオチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ecto-5'-nucleotidase / eN / substrate / GMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / GMP 5'-nucleotidase activity ...チミジル酸-5'-ホスファターゼ / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / GMP 5'-nucleotidase activity / IMP-specific 5'-nucleotidase / AMP catabolic process / IMP 5'-nucleotidase activity / ニコチン酸 / Purine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / : / calcium ion homeostasis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / 細胞膜 / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.41 Å | ||||||
データ登録者 | Scaletti, E.R. / Strater, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Purinergic Signal / 年: 2021 タイトル: Substrate binding modes of purine and pyrimidine nucleotides to human ecto-5'-nucleotidase (CD73) and inhibition by their bisphosphonic acid derivatives. 著者: Scaletti, E. / Huschmann, F.U. / Mueller, U. / Weiss, M.S. / Strater, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p9r.cif.gz | 249.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p9r.ent.gz | 194.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p9r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60464.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-ヌクレオチダーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 500分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-G / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 7 mg/mL protein concentration, 100 mM Tris pH 7.8, 10 % PEG6000, equal amounts of protein and reservoir. Following crystal formation (1-2 days), the crystals were transferred to soaking ...詳細: 7 mg/mL protein concentration, 100 mM Tris pH 7.8, 10 % PEG6000, equal amounts of protein and reservoir. Following crystal formation (1-2 days), the crystals were transferred to soaking solution containing reservoir solution and 10 mM GMP. Crystals were then transferred to cryo solution containing an additional 20 % glycerol, soaked for ~2-5 min, and flash frozen in liquid nitrogen. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.8943 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8943 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.41→47.22 Å / Num. obs: 113297 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4h2g 解像度: 1.41→47.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.164 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.22 Å2 / Biso mean: 13.688 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.41→47.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.411→1.447 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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