PDB-7p9a: Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase complexe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p9a

タイトル

Structure of cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase complexed with cyclohex-1,5-diene-1-carboxyl-CoA

要素

Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

enzyme catalysis (酵素反応) /

acyl-CoA dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ) / flavin /

fatty acid oxidation (Β酸化)

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ermler, U. / Weidenweber, S. / Boll, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Cyclic 1,3-Diene Forming Acyl-Coenzyme A Dehydrogenases.
著者: Kung, J.W. / Meier, A.K. / Willistein, M. / Weidenweber, S. / Demmer, U. / Ermler, U. / Boll, M.

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p9a.cif.gz	321.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p9a.ent.gz	262.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p98SC 7p9xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
186 kDa, 4 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	8_545	x,-y-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_555	-x+1/2,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	14_545	-x+1/2,-y-1/2,z	1

2

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.260, 173.590, 331.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-729- HOH
2	1	B-806- HOH
3	1	B-829- HOH

#1: タンパク質	Short-chain acyl-CoA dehydrogenase / 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 44585.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (バクテリア) 株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: Gmet_3306 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39QF5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-4KX / 1,5 Dienoyl-CoA / Cyclohex-1,5-diene-1-carbonyl-CoA / 1,5-シクロヘキサジエニルカルボニルCoA 分子量: 873.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% 6000, 0.3 M sodium/potassium tartrate, 5% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→46.612 Å / Num. obs: 144112 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 5.769 % / B_iso Wilson estimate: 25.237 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.943 / Net I/σ(I): 17.36 / Num. measured all: 831405 / Scaling rejects: 23

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.6	3.372	0.554	2.13	40226	30468	11931	0.839	0.648	39.2
1.6-1.8	4.478	0.315	4.39	138447	42527	30918	0.956	0.355	72.7
1.8-2.2	6.245	0.135	11.64	283435	45523	45385	0.994	0.147	99.7
2.2-2.8	6.632	0.155	25.38	189252	28552	28536	0.991	0.168	99.9
2.8-3.6	6.644	0.085	35.91	95191	14339	14327	0.996	0.092	99.9
3.6-4.6	6.655	0.049	43.6	44460	6689	6681	0.998	0.053	99.9
4.6-5.9	6.445	0.044	43.96	21179	3293	3286	0.998	0.048	99.8
5.9-8	6.509	0.043	44.44	11684	1800	1795	0.998	0.047	99.7
8-12	5.907	0.034	46.31	5092	870	862	0.999	0.038	99.1
12-46.612	6.238	0.032	48.02	2439	402	391	0.998	0.036	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 7P98

7p98

解像度: 1.5→46.612 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2053	1999	1.39 %
R_work	0.1855	141963	-
obs	0.1858	143962	82.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90 Å² / B_iso mean: 28.916 Å² / B_iso min: 11.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→46.612 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5724	0	242	500	6466
B_iso mean	-	-	29.99	34.07	-
残基数	-	-	-	-	759

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.5375	0.474	54	0.41	3803	31
1.5375-1.5791	0.3672	72	0.314	5147	42
1.5791-1.6255	0.3148	90	0.2813	6388	53
1.6255-1.678	0.2693	109	0.2571	7730	63
1.678-1.738	0.2708	129	0.2494	9200	75
1.738-1.8076	0.2268	158	0.2366	11158	91
1.8076-1.8899	0.2852	171	0.2342	12177	99
1.8899-1.9895	0.2309	172	0.2335	12166	100
1.9895-2.1141	0.2511	173	0.2306	12240	100
2.1141-2.2774	0.2021	171	0.2053	12234	100
2.2774-2.5065	0.2015	173	0.1578	12303	100
2.5065-2.8692	0.1959	174	0.1594	12352	100
2.8692-3.6147	0.18	175	0.166	12403	100
3.6147-46.612	0.1735	178	0.1596	12662	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0037	-7.2163	8.8189	2.0105	-5.6209	6.3996	0.5864	0.9905	-0.8363	-0.7756	-0.3031	0.8815	0.2625	-0.046	-0.2532	0.4422	0.0713	-0.132	0.6552	-0.0757	0.434	35.5675	-47.4298	51.6822
2	1.3702	-0.1142	0.1377	2.4756	-1.6226	3.5196	-0.0067	0.3044	0.0882	-0.2055	-0.0156	-0.1355	-0.0853	0.243	0.0227	0.1107	-0.0259	0.0259	0.2054	0.0077	0.1393	43.7642	-35.3701	58.2239
3	1.3662	0.0771	-0.1874	1.0194	0.2982	1.6125	0.0856	0.0818	0.4558	-0.1442	0.0521	-0.1774	-0.3855	0.175	-0.1167	0.2203	-0.066	0.0315	0.1668	0.043	0.273	44.1099	-16.7805	66.4481
4	7.5308	6.6031	-5.309	8.6399	-6.2464	4.6288	0.2411	-0.5102	0.4339	0.6245	-0.3774	-0.0111	-0.6006	0.3697	0.1492	0.1759	-0.0607	-0.0311	0.2475	-0.028	0.2703	48.9199	-31.6946	75.4477
5	1.1225	0.4763	-0.1549	1.8025	-0.4157	1.153	-0.0118	0.1164	0.0473	-0.0967	0.0616	0.0125	-0.0379	0.0032	-0.0497	0.0664	0.0089	0.0124	0.1156	-0.0125	0.0999	30.9886	-40.0337	69.0885
6	9.4024	-6.9498	1.4814	7.1958	-1.6462	1.146	0.1178	0.2889	0.5353	-0.0857	-0.2102	-0.3728	-0.0386	0.1016	0.0954	0.0909	-0.0281	0.0115	0.0963	-0.0022	0.0946	31.0606	-36.4774	74.957
7	2.0019	-7.8975	7.65	6.1556	-6.5272	9.7412	1.0346	0.655	-1.2847	-0.7692	-0.3572	0.2684	1.3688	0.5762	-0.6586	0.4426	0.0237	-0.1171	0.3265	-0.0664	0.6715	59.2931	-31.2269	-3.9878
8	2.9134	-3.5487	0.3068	6.5858	-2.7189	2.4642	0.0182	0.172	-0.2094	-0.336	0.1966	0.7556	0.2766	-0.3802	-0.2093	0.1286	-0.0711	-0.0475	0.3075	-0.0034	0.2291	44.6297	-18.1773	-0.644
9	1.0681	0.1499	-0.0331	1.386	0.6331	2.0526	0.0491	-0.0966	-0.3003	0.1992	0.0089	0.0885	0.4036	-0.26	-0.0484	0.1814	-0.0522	-0.0181	0.2245	0.0565	0.2363	53.7472	-25.193	13.1964
10	3.2804	0.7329	-1.3923	3.5111	-0.9551	4.2461	0.1412	-0.361	-0.0865	0.4759	-0.0419	0.0649	0.0391	-0.1389	-0.096	0.2254	-0.0278	0.024	0.2542	0.0732	0.1639	50.6049	-15.5287	29.4894
11	1.9999	5.678	1.9975	2.9608	-5.7098	1.9996	0.1746	-0.142	0.1848	0.2774	0.1101	0.1355	-0.3109	-0.0878	-0.2828	0.1794	0.0151	0.0581	0.3991	0.0498	0.2598	46.5639	-7.2188	11.5382
12	1.6178	0.5344	-2.9176	0.9058	-1.2517	7.5668	-0.0037	-0.087	-0.1564	0.1069	-0.0172	0.0116	0.3279	-0.127	0.0299	0.1417	-0.0491	-0.039	0.1646	0.0222	0.1877	57.2531	-16.3359	13.0022
13	0.8571	-0.2768	0.2691	7.2364	-7.4906	8.7781	0.0265	0.1352	-0.0732	-0.2463	-0.1306	-0.1375	0.2172	0.1268	0.1044	0.1041	0.0189	-0.0059	0.2126	-0.0502	0.1429	70.1885	-12.5488	-8.7331
14	2.5112	-0.7124	2.2027	5.1354	-5.4705	9.1045	0.0608	-0.0653	-0.0662	0.0262	-0.3768	-0.4307	0.258	0.3461	0.3161	0.0979	-0.01	0.0042	0.1896	0.0036	0.1438	69.7612	-12.4387	4.1266
15	8.1352	-1.896	6.3916	1.5421	-2.4579	8.2319	0.1548	-0.4665	-0.3037	0.0248	0.1068	0.1136	0.1349	-0.5113	-0.2707	0.1033	-0.0162	0.0228	0.1128	-0.0136	0.1263	63.5792	-7.0263	5.124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 21 )	A	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 112 )	A	22 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 191 )	A	113 - 191
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 192 through 209 )	A	192 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 210 through 343 )	A	210 - 343
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 344 through 380 )	A	344 - 380
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 21 )	B	2 - 21
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 47 )	B	22 - 47
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 48 through 132 )	B	48 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 191 )	B	133 - 191
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 192 through 209 )	B	192 - 209
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 210 through 266 )	B	210 - 266
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 267 through 306 )	B	267 - 306
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 307 through 337 )	B	307 - 337
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 338 through 380 )	B	338 - 380

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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