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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p4j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Autotaxin and tetrahydrocannabinol | ||||||
![]() | Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to polycyclic arene / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eymery, M.C. / McCarthy, A.A. / Hausmann, J. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Linking medicinal cannabis to autotaxin-lysophosphatidic acid signaling. 著者: Eymery, M.C. / McCarthy, A.A. / Hausmann, J. #1: ![]() 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7p4oC ![]() 2xr9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 95037.656 Da / 分子数: 1 / 変異: N410A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q64610, ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
-非ポリマー , 10種, 444分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/TCI.gif)
![](data/chem/img/5JK.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TCI.gif)
![](data/chem/img/5JK.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TCI / ( | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-5JK / | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-IOD / ![]() #7: 化合物 | ![]() #8: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #9: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ![]() #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-NA / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 % |
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結晶化![]() | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 18-22% (m/v) PEG3350, 0.1-0.3 M NH4I and 0.3 M NaSCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.79→61.24 Å / Num. obs: 47909 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 20.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.975 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 16845 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 60.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2XR9 解像度: 1.79→61.24 Å / SU ML: 0.1951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.8006 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→61.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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