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- PDB-7p4b: HLA-E*01:03 in complex with IL9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4b
タイトルHLA-E*01:03 in complex with IL9
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • ESAT-6-like protein EsxH
  • HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HLA-E MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of membrane repair / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / phagocytic vesicle lumen / natural killer cell tolerance induction ...Inhibition of membrane repair / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / phagocytic vesicle lumen / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of interleukin-4 production / MHC class I protein binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / negative regulation of T cell proliferation / T cell receptor binding / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / 獲得免疫系 / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / Β2-ミクログロブリン / ESAT-6-like protein EsxH
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Walters, L.C. / Gillespie, G.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Primary and secondary functions of HLA-E are determined by stability and conformation of the peptide-bound complexes.
著者: Walters, L.C. / Rozbesky, D. / Harlos, K. / Quastel, M. / Sun, H. / Springer, S. / Rambo, R.P. / Mohammed, F. / Jones, E.Y. / McMichael, A.J. / Gillespie, G.M.
履歴
登録2021年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
D: Beta-2-microglobulin
E: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
F: Beta-2-microglobulin
G: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
H: Beta-2-microglobulin
P: ESAT-6-like protein EsxH
Q: ESAT-6-like protein EsxH
R: ESAT-6-like protein EsxH
Z: ESAT-6-like protein EsxH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,34741
ポリマ－179,66312
非ポリマー2,68429
水19,9791109
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
B: Beta-2-microglobulin
P: ESAT-6-like protein EsxH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2967
ポリマ－44,9163
非ポリマー3804
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
D: Beta-2-microglobulin
Q: ESAT-6-like protein EsxH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,94514
ポリマ－44,9163
非ポリマー1,02911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
3
E: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
F: Beta-2-microglobulin
R: ESAT-6-like protein EsxH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2687
ポリマ－44,9163
非ポリマー3534
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
4
G: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
H: Beta-2-microglobulin
Z: ESAT-6-like protein EsxH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,83813
ポリマ－44,9163
非ポリマー92210
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)244.562, 48.529, 153.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.948, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-301-

ZN

21G-302-

ZN

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / MHC class I antigen E


分子量: 31921.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-E, HLA-6.2, HLAE / 発現宿主: Escherichia (エスケリキア属) / 参照: UniProt: P13747
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia (エスケリキア属) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 PQRZ

#3: タンパク質・ペプチド
ESAT-6-like protein EsxH / 10 kDa antigen CFP7 / CFP-7 / Low molecular weight protein antigen 7 / Protein TB10.4


分子量: 1115.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: esxH, cfp7, Rv0288, MTV035.16 / 発現宿主: Escherichia (エスケリキア属) / 参照: UniProt: P9WNK3

-
非ポリマー , 5種, 1138分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M AS 0.1 M MES pH 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→114.03 Å / Num. obs: 171397 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 8228 / CC1/2: 0.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GH1

6gh1


解像度: 1.72→75.18 Å / SU ML: 0.2346 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5796
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 8627 5.04 %
Rwork0.2007 162635 -
obs0.2026 171262 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→75.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12510 0 159 1109 13778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.615817744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04381798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.93624774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.740.3642520.34355171X-RAY DIFFRACTION94.74
1.74-1.760.34262690.32525351X-RAY DIFFRACTION99.84
1.76-1.780.35422820.30945405X-RAY DIFFRACTION99.54
1.78-1.80.33852850.29625385X-RAY DIFFRACTION99.82
1.8-1.830.35312740.28375349X-RAY DIFFRACTION99.88
1.83-1.850.28153030.2615396X-RAY DIFFRACTION99.93
1.85-1.880.28873040.24595364X-RAY DIFFRACTION99.93
1.88-1.910.28362830.23525365X-RAY DIFFRACTION99.88
1.91-1.940.29032670.2345478X-RAY DIFFRACTION99.88
1.94-1.970.26782970.23015310X-RAY DIFFRACTION99.93
1.97-20.2712840.22325442X-RAY DIFFRACTION99.95
2-2.040.26412900.22745401X-RAY DIFFRACTION99.93
2.04-2.080.2422640.21215403X-RAY DIFFRACTION99.95
2.08-2.120.24742770.20745457X-RAY DIFFRACTION99.95
2.12-2.160.25333250.20865297X-RAY DIFFRACTION99.95
2.16-2.220.27312910.20825465X-RAY DIFFRACTION99.97
2.22-2.270.28162870.20495404X-RAY DIFFRACTION99.98
2.27-2.330.25452840.20955433X-RAY DIFFRACTION99.95
2.33-2.40.27042790.20985428X-RAY DIFFRACTION99.95
2.4-2.480.26812690.20685397X-RAY DIFFRACTION99.98
2.48-2.570.2782870.21055476X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.670.2763030.21465399X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.24332780.20695459X-RAY DIFFRACTION99.98
2.79-2.940.2512870.20185425X-RAY DIFFRACTION99.98
2.94-3.120.23353040.19815497X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.360.21662970.18665430X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.70.19352810.17215509X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.240.19263100.16135483X-RAY DIFFRACTION100
4.24-5.340.16652960.15385565X-RAY DIFFRACTION99.95
5.34-75.180.22063180.20655691X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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