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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p3g | ||||||
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タイトル | EED in complex with compound 4 | ||||||
要素 | Polycomb protein EED | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Methyl transferase EED PRC2 epigenetic H3K27 WD40 inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / 染色体 / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | Read, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Diverse, Potent, and Efficacious Inhibitors That Target the EED Subunit of the Polycomb Repressive Complex 2 Methyltransferase. 著者: Bagal, S.K. / Gregson, C. / O' Donovan, D.H. / Pike, K.G. / Bloecher, A. / Barton, P. / Borodovsky, A. / Code, E. / Fillery, S.M. / Hsu, J.H. / Kawatkar, S.P. / Li, C. / Longmire, D. / Nai, Y. ...著者: Bagal, S.K. / Gregson, C. / O' Donovan, D.H. / Pike, K.G. / Bloecher, A. / Barton, P. / Borodovsky, A. / Code, E. / Fillery, S.M. / Hsu, J.H. / Kawatkar, S.P. / Li, C. / Longmire, D. / Nai, Y. / Nash, S.C. / Pike, A. / Robinson, J. / Read, J.A. / Rawlins, P.B. / Shen, M. / Tang, J. / Wang, P. / Woods, H. / Williamson, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p3g.cif.gz | 298.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p3g.ent.gz | 241 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p3g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42299.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530 #2: 化合物 | ChemComp-L9W / | #3: 化合物 | ChemComp-52R / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.39→66.22 Å / Num. obs: 31223 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 63.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 204925 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6SFB 解像度: 2.39→30.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.433 / SU Rfree Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.248
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原子変位パラメータ | Biso max: 152.52 Å2 / Biso mean: 64.57 Å2 / Biso min: 25.78 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.39→30.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.39→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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