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- PDB-7p19: Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD Q498Y complexed with human ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p19
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 RBD Q498Y complexed with human ACE2
要素
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Viral spike (スパイクタンパク質) / angiotensin converting enzyme-II (アンジオテンシン変換酵素) / SARS-COV-2 (SARSコロナウイルス2) / ACE-2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / endopeptidase activity / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Erausquin, E. / Lopez-Sagaseta, J.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Other government0011-3597-2020-000010 スペイン
Other government0011-1408-2021-000023 スペイン
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural bases for the higher adherence to ACE2 conferred by the SARS-CoV-2 spike Q498Y substitution.
著者: Erausquin, E. / Glaser, F. / Fernandez-Recio, J. / Lopez-Sagaseta, J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A single de novo substitution in SARS-CoV-2 spike informs enhanced adherence to human ACE2
著者: Erausquin, E. / Lopez-Sagaseta, J.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
B: Processed angiotensin-converting enzyme 2
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,59616
ポリマ－185,7574
非ポリマー1,83912
水0
1
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7058
ポリマ－92,8782
非ポリマー8276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Processed angiotensin-converting enzyme 2
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8918
ポリマ－92,8782
非ポリマー1,0126
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.591, 165.037, 228.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 19 through 73 or resid 75...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 19 through 20 or (resid 21...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 339 through 360 or resid 366...
d_2ens_2(chain "E" and (resid 339 through 515 or resid 601))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERLEUA1 - 55
d_12ens_1GLUGLNA57 - 84
d_13ens_1SERGLUA88 - 209
d_14ens_1THRALAA211 - 596
d_15ens_1NAGNAGB
d_16ens_1ZNZNC
d_17ens_1NAGNAGD
d_18ens_1EDOEDOE
d_21ens_1SERLEUH1 - 55
d_22ens_1GLUGLUH57 - 206
d_23ens_1THRALAH208 - 593
d_24ens_1NAGNAGI
d_25ens_1ZNZNJ
d_26ens_1NAGNAGK
d_27ens_1EDOEDOL
d_11ens_2GLYASNN3 - 24
d_12ens_2SERPHEN30 - 179
d_13ens_2NAGNAGO
d_21ens_2GLYPHEF1 - 172
d_22ens_2NAGNAGG

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.800970354604, -0.397256866793, 0.447921279726), (-0.389719059262, 0.913896491224, 0.113632117713), (-0.454494824936, -0.0835475021399, -0.886822569059)1.42537603178, 29.9714625758, -129.881355866
2given(-0.812239725206, -0.387851668958, -0.43570369712), (-0.399721816836, 0.914071927805, -0.0685199236981), (0.424840085141, 0.118505669419, -0.897478305238)-45.0455752146, -36.0173286683, -121.255185746

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABEC

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69307.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23570.553 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q498Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0DTC2

-
糖 , 1種, 7分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium phosphate pH 6.5, 12% w/v PEG 8000 / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-out / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.236→133.825 Å / Num. obs: 37398 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 85.19 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.256 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.284 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.236→3.292 Å / Rmerge(I) obs: 1.848 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1827 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.838 / Rrim(I) all: 2.033 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 3.24→93.99 Å / SU ML: 0.4803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.3763
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 1853 4.95 %
Rwork0.2309 35545 -
obs0.2338 37398 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→93.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12482 0 109 0 12591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001812962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.492617616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03831860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.78871731
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.774805217601
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.02052739949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.320.39551460.36322698X-RAY DIFFRACTION99.75
3.32-3.420.41461330.33252689X-RAY DIFFRACTION99.86
3.42-3.530.33641210.28892733X-RAY DIFFRACTION99.72
3.53-3.660.37831380.26752701X-RAY DIFFRACTION99.75
3.66-3.80.26111440.25332709X-RAY DIFFRACTION99.58
3.8-3.980.30331650.23412657X-RAY DIFFRACTION99.47
3.98-4.190.32291420.22942720X-RAY DIFFRACTION99.79
4.19-4.450.29821450.21382712X-RAY DIFFRACTION99.48
4.45-4.790.24631320.19772730X-RAY DIFFRACTION99.27
4.79-5.280.24261410.19892723X-RAY DIFFRACTION99.31
5.28-6.040.30691580.21862765X-RAY DIFFRACTION99.32
6.04-7.610.26211350.22072818X-RAY DIFFRACTION99.39
7.61-93.990.24691530.20952890X-RAY DIFFRACTION98.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73998427718-0.1546281716650.4121371136361.301341071780.6642402667052.533790988-0.0550263698423-0.03093220898580.03111533663450.00288483384040.1354300026480.0205239529654-0.250172252670.0131086166401-0.07379608430830.639143840162-0.024778012510.04081004326660.4757117986450.04114627146620.482976791378-4.6203317870744.985853944-33.7439469691
21.41910917491-0.3227500374980.3387589449573.42665004707-0.406259974972.566409714020.1423568447590.0380057882225-0.0226165670226-0.159154366340.09175878772520.1488863449360.5684603209790.263063945977-0.2273906119380.9468293418320.0801249397732-0.02162388840520.622120887208-0.03144673330860.5208014306940.7659492528454.81016760596-56.9248693523
30.732872156358-0.393309107350.4195579807752.9760195167-1.288732618042.405772090670.158613342905-0.0674476488633-0.121569082498-0.377194139233-0.02918299117270.2713877113480.10230741422-0.190904280081-0.1295635170080.8609559274350.0706416903334-0.04130815064990.6987015404420.06640900900090.618148292705-27.851971974368.855667457-101.495819265
42.244223730220.4245172834340.1711155341052.210531266270.2150689117762.383342203760.3418575808610.323208278539-0.3584141290390.04918429228960.2479887062650.330776731290.759968412013-0.278168521747-0.5655487631921.28048555501-0.0390393540951-0.3153680837640.8352750447150.1705416659221.02400480775-26.727335713826.431385468-80.6694807199
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain A and resseq 19:704)AA - E19 - 704
22(chain E and resseq 339:601)EF - G339 - 601
33(chain B and resseq 19:705)BH - M19 - 705
44(chain C and resseq 337:601)CN - O337 - 601

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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