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万見
- PDB-7p0b: Human mitochondrial Lon protease without substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0b
タイトルHuman mitochondrial Lon protease without substrate
要素Lon protease homolog, mitochondrial
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Protease (プロテアーゼ) / Mitochondria (ミトコンドリア) / AAA+
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / response to aluminum ion / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / response to aluminum ion / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / chaperone-mediated protein complex assembly / DNA polymerase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / mitochondrion organization / proteolysis involved in protein catabolic process / response to hormone / protein catabolic process / ADP binding / cellular response to oxidative stress / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / single-stranded RNA binding / response to hypoxia / ミトコンドリアマトリックス / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. ...Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Lon protease homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å
データ登録者Valentin Gese, G. / Shahzad, S. / Hallberg, B.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A dual allosteric pathway drives human mitochondrial Lon
著者: Valentin Gese, G. / Shahzad, S. / Pardo-Hernandez, C. / Wramstedt, A. / Falkenberg, M. / Hallberg, M.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13147
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lon protease homolog, mitochondrial
B: Lon protease homolog, mitochondrial
C: Lon protease homolog, mitochondrial
D: Lon protease homolog, mitochondrial
E: Lon protease homolog, mitochondrial
F: Lon protease homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)594,54812
ポリマ－591,9856
非ポリマー2,5636
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area27140 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area125570 Å2

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要素

#1: タンパク質
Lon protease homolog, mitochondrial / LONHs / Lon protease-like protein / LONP / Mitochondrial ATP-dependent protease Lon / Serine protease 15


分子量: 98664.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LONP1, PRSS15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36776, endopeptidase La
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human mitochondrial LonP1 G106P, R563W and K594M mutant
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.591 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.93モデルフィッティング
19REFMAC5.8.0267モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61980 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3M6A

3m6a


PDB chain-ID: A
精密化解像度: 4→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / WRfactor Rwork: 0.287 / SU B: 54.458 / SU ML: 0.651 / Average fsc overall: 0.7665 / Average fsc work: 0.7665 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2869 70778 -
all0.287 --
Rfree--0 %
obs--99.944 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 260.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.364 Å23.115 Å21.674 Å2
2--2.721 Å27.294 Å2
3---1.643 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0040.01225506
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1991.63734541
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.36753172
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.56822.3281267
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.892154553
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg18.46215168
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0960.23334
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0218958
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1830.224702
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2830.235732
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1390.21460
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it15.10525.11612727
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it25.9937.63315886
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it17.2926.93912779
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it29.67839.80618655
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it52.889484.465104669
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
4-4.1031.21352191.21352190.1391.213
4.103-4.2150.88850810.88850810.3680.888
4.215-4.3360.59749310.59749310.5760.597
4.336-4.4690.41547990.41547990.7010.415
4.469-4.6140.34346030.34346030.7990.343
4.614-4.7740.31645740.31645740.8510.316
4.774-4.9530.30642840.30642840.8810.306
4.953-5.1530.2941970.2941970.8790.29
5.153-5.3790.28539870.28539870.8740.285
5.379-5.6390.26638590.26638590.8930.266
5.639-5.940.26936320.26936320.8930.269
5.94-6.2940.27634580.27634580.8930.276
6.294-6.7210.24932060.24932060.9120.249
6.721-7.2490.23230850.23230850.9390.232
7.249-7.9240.23727460.23727460.9390.237
7.924-8.8320.24925480.24925480.9510.249
8.832-10.1460.23222300.23222300.9630.232
10.146-12.30.18519140.18519140.970.185
12.3-16.8910.18814870.18814870.9690.188
16.891-50.0050.3229120.3229120.9820.322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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