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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oyl | ||||||
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タイトル | Phosphoglucose isomerase of Aspergillus fumigatus in complexed with Glucose-6-phosphate | ||||||
要素 | Glucose-6-phosphate isomeraseグルコースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Fungal pathogen / phosphoglucose isomerase (グルコースリン酸イソメラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルコースリン酸イソメラーゼ / glucose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative binding / 糖新生 / glycolytic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Raimi, O.G. / Yan, K. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2022 タイトル: Phosphoglucose Isomerase Is Important for Aspergillus fumigatus Cell Wall Biogenesis. 著者: Zhou, Y. / Yan, K. / Qin, Q. / Raimi, O.G. / Du, C. / Wang, B. / Ahamefule, C.S. / Kowalski, B. / Jin, C. / van Aalten, D.M.F. / Fang, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oyl.cif.gz | 138.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oyl.ent.gz | 104.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oyl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7u34C 1gzdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61857.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス) 遺伝子: CDV57_05145 詳細 (発現宿主): modified by a 6His tag prior to the GST 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: A0A229XY52, グルコースリン酸イソメラーゼ |
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#5: 糖 | ChemComp-BG6 / |
-非ポリマー , 4種, 503分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Na-Hepes pH 7.5, 1.4M Tri-sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→48.03 Å / Num. obs: 82761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.844 Å / Rmerge(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 7939 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GZD 解像度: 1.78→42.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.464 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.4 Å2 / Biso mean: 27.762 Å2 / Biso min: 12.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→42.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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