+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oq2 | |||||||||||||||
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Title | NaK S-DI mutant soaked in Na+ | |||||||||||||||
Components | Potassium channel protein | |||||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / PROKARYOTE / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / membrane / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||||||||
Authors | Minniberger, S. / Plested, A.J.R. | |||||||||||||||
Funding support | European Union, Germany, 4items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2023 Title: Asymmetry and Ion Selectivity Properties of Bacterial Channel NaK Mutants Derived from Ionotropic Glutamate Receptors. Authors: Minniberger, S. / Abdolvand, S. / Braunbeck, S. / Sun, H. / Plested, A.J.R. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7oq2.cif.gz | 163.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7oq2.ent.gz | 110.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7oq2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oq2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7oorC 7oouC 7ophC 7oq1C 7pa0C 8a35C 8a7xC 3e86S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 10719.641 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D66S G67- N68D F69I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (bacteria) Strain: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 Gene: BC_0669 / Plasmid: pQE60 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): NEBExpress Iq / References: UniProt: Q81HW2 |
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-Non-polymers , 5 types, 121 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.9 % / Description: thin plates |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 200 mM KCl, 100 mM HEPES (KOH) pH 7.5, 62% MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol racemate) - soaked in 100 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 50% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→59.73 Å / Num. obs: 19895 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.96 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06674 / Rpim(I) all: 0.06674 / Rrim(I) all: 0.09439 / Net I/σ(I): 4.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.761 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.9783 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1966 / CC1/2: 0.596 / CC star: 0.864 / Rpim(I) all: 0.9783 / % possible all: 99.69 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Starting model: 3.0E+86 / Resolution: 1.7→59.73 Å / SU ML: 0.2224 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.6999 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→59.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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