[日本語] English
万見
- PDB-7opd: Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7opd
タイトルPol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5)
要素
  • (DNA excision repair protein ERCC- ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...ポリメラーゼ) x 6
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 2
  • (RNA polymerase ...RNAポリメラーゼ) x 2
  • (RNA polymerase-associated protein ...) x 2
  • Cullin-4A
  • DNA damage-binding protein 1
  • DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • LEO1 helix
  • NTS
  • Parafibromin
  • RNAリボ核酸
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPOL4c domain-containing protein
  • TS
  • Transcription elongation factor SPT6
  • UV-stimulated scaffold protein A
  • WD repeat-containing protein 61
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA repair (DNA修復) / ubiquitin (ユビキチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


Prolactin receptor signaling / double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / Regulation of BACH1 activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / DNA Damage Recognition in GG-NER ...Prolactin receptor signaling / double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / Regulation of BACH1 activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Ski complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / positive regulation of mRNA 3'-end processing / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / nucleotide-excision repair complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of RUNX2 expression and activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of DVL / Orc1 removal from chromatin / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / Cdc73/Paf1 complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Hedgehog 'on' state / negative regulation of granulocyte differentiation / regulation of isotype switching / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of muscle cell differentiation / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / eukaryotic initiation factor 4E binding / blastocyst hatching / Interleukin-1 signaling / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of response to oxidative stress / KEAP1-NFE2L2 pathway / 後期促進複合体 / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / B-WICH complex / single strand break repair / nucleosome organization / trophectodermal cell differentiation / regulation of mRNA processing / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / DNA translocase activity / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cullin-RING ubiquitin ligase complex / DNA protection / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of nucleotide-excision repair / mRNA 3'-end processing / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / spindle assembly involved in female meiosis / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / response to superoxide / photoreceptor cell maintenance / blastocyst formation / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / VCB complex / positive regulation of protein autoubiquitination
類似検索 - 分子機能
UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / HHH domain 9 / HHH domain ...UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / HHH domain 9 / HHH domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2ドメイン / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / ENTH/VHS / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Tetratricopeptide repeat / RNA-binding domain, S1 / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin / RuvA domain 2-like / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin protein neddylation domain / Cullin / : / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Tetratricopeptide repeat / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / DNA excision repair protein ERCC-6 / DNA excision repair protein ERCC-8 / Cullin-4A / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / Transcription elongation factor SPT6 / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / RNA polymerase-associated protein LEO1 / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kokic, G. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994, SFB860, SPP2191 ドイツ
European Research Council (ERC)882357 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of human transcription-DNA repair coupling.
著者: Goran Kokic / Felix R Wagner / Aleksandar Chernev / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Transcription-coupled DNA repair removes bulky DNA lesions from the genome and protects cells against ultraviolet (UV) irradiation. Transcription-coupled DNA repair begins when RNA polymerase II ...Transcription-coupled DNA repair removes bulky DNA lesions from the genome and protects cells against ultraviolet (UV) irradiation. Transcription-coupled DNA repair begins when RNA polymerase II (Pol II) stalls at a DNA lesion and recruits the Cockayne syndrome protein CSB, the E3 ubiquitin ligase, CRL4 and UV-stimulated scaffold protein A (UVSSA). Here we provide five high-resolution structures of Pol II transcription complexes containing human transcription-coupled DNA repair factors and the elongation factors PAF1 complex (PAF) and SPT6. Together with biochemical and published data, the structures provide a model for transcription-repair coupling. Stalling of Pol II at a DNA lesion triggers replacement of the elongation factor DSIF by CSB, which binds to PAF and moves upstream DNA to SPT6. The resulting elongation complex, EC, uses the CSA-stimulated translocase activity of CSB to pull on upstream DNA and push Pol II forward. If the lesion cannot be bypassed, CRL4 spans over the Pol II clamp and ubiquitylates the RPB1 residue K1268, enabling recruitment of TFIIH to UVSSA and DNA repair. Conformational changes in CRL4 lead to ubiquitylation of CSB and to release of transcription-coupled DNA repair factors before transcription may continue over repaired DNA.
履歴
登録2021年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年10月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / em_admin / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_database_proc / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conf
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id
改定 2.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RPOL4c domain-containing protein
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
L: RNA polymerase II subunit K
M: Transcription elongation factor SPT6
N: NTS
P: RNA
R: LEO1 helix
S: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog
T: TS
U: RNA polymerase-associated protein LEO1
V: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
Y: WD repeat-containing protein 61
Z: Parafibromin
a: DNA excision repair protein ERCC-8
b: DNA excision repair protein ERCC-6
c: UV-stimulated scaffold protein A
d: DNA damage-binding protein 1
e: Cullin-4A
f: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,650,40137
ポリマ－1,649,85328
非ポリマー5489
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ACEFGI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / ポリメラーゼ


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P11414
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / ポリメラーゼ


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / ポリメラーゼ / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / ポリメラーゼ


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

-
タンパク質 , 10種, 10分子 BDKMYZcdef

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 RPOL4c domain-containing protein


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#11: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#13: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6 / hSPT6 / Histone chaperone suppressor of Ty6 / Tat-cotransactivator 2 protein / Tat-CT2 protein


分子量: 199602.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT6H, KIAA0162, SPT6H / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KZ85
#21: タンパク質 WD repeat-containing protein 61 / Meiotic recombination REC14 protein homolog / SKI8 homolog / Ski8


分子量: 33617.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR61 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9GZS3
#22: タンパク質 Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein


分子量: 60673.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1J9
#25: タンパク質 UV-stimulated scaffold protein A


分子量: 80993.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2YD98
#26: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127369.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531
#27: タンパク質 Cullin-4A / CUL-4A


分子量: 88086.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL4A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13619
#28: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbx1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P62878, RING-type E3 ubiquitin transferase, cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNAポリメラーゼ


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

-
RNA polymerase ... , 2種, 2分子 LV

#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K / RNAポリメラーゼII


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51
#20: タンパク質 RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / hPAF1 / Pancreatic differentiation protein 2


分子量: 60052.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAF1, PD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N7H5

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 NTS


分子量: 14494.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#18: DNA鎖 TS


分子量: 14269.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
RNA polymerase-associated protein ... , 2種, 2分子 SU

#17: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / SH2 domain-binding protein 1


分子量: 134510.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PD62
#19: タンパク質 RNA polymerase-associated protein LEO1 / Replicative senescence down-regulated leo1-like protein


分子量: 75514.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEO1, RDL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WVC0

-
DNA excision repair protein ERCC- ... , 2種, 2分子 ab

#23: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-8 / Cockayne syndrome WD repeat protein CSA


分子量: 44107.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13216
#24: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-6 / ATP-dependent helicase ERCC6 / Cockayne syndrome protein CSB


分子量: 168973.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC6, CSB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q03468, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 PR

#15: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 14490.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#16: タンパク質・ペプチド LEO1 helix


分子量: 3422.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#29: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#30: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Transcribing Pol II bound to TRC factors, SPT6 and PAF.COMPLEX#1-#280MULTIPLE SOURCES
2DNA-directed RNA polymerase with RNA_pol_L_2 and RNA polymeraseCOMPLEX#1-#121NATURAL
3Supplementary proteinsCOMPLEX#13, #16-#17, #19-#271RECOMBINANT
4NTS, RNA, TSCOMPLEX#14-#15, #181RECOMBINANT
5E3 ubiquitin-protein ligase RBX1COMPLEX#281RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
24Synthetic construct (人工物)32630
35Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X
撮影電子線照射量: 40.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4WarpCTF補正
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100000
詳細: Different number of particles was used for different focused refined maps.
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01965484
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06187764
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.71410791
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0838259
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00711951

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る