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- PDB-7omf: Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omf
タイトルStructure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form I)
要素
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 3
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
キーワードSPLICING / Splicing inhibitor / SF3B complex / sudemycin D6
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / : / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / : / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 細胞分化 / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / クロマチンリモデリング / mRNA binding / protein-containing complex binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term ...Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Chem-T2W / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 3 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Splicing factor 3B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Cretu, C. / Pena, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)PE 2079/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of intron selection by U2 snRNP in the presence of covalent inhibitors.
著者: Constantin Cretu / Patricia Gee / Xiang Liu / Anant Agrawal / Tuong-Vi Nguyen / Arun K Ghosh / Andrew Cook / Melissa Jurica / Nicholas A Larsen / Vladimir Pena /
要旨: Intron selection during the formation of prespliceosomes is a critical event in pre-mRNA splicing. Chemical modulation of intron selection has emerged as a route for cancer therapy. Splicing ...Intron selection during the formation of prespliceosomes is a critical event in pre-mRNA splicing. Chemical modulation of intron selection has emerged as a route for cancer therapy. Splicing modulators alter the splicing patterns in cells by binding to the U2 snRNP (small nuclear ribonucleoprotein)-a complex chaperoning the selection of branch and 3' splice sites. Here we report crystal structures of the SF3B module of the U2 snRNP in complex with spliceostatin and sudemycin FR901464 analogs, and the cryo-electron microscopy structure of a cross-exon prespliceosome-like complex arrested with spliceostatin A. The structures reveal how modulators inactivate the branch site in a sequence-dependent manner and stall an E-to-A prespliceosome intermediate by covalent coupling to a nucleophilic zinc finger belonging to the SF3B subunit PHF5A. These findings support a mechanism of intron recognition by the U2 snRNP as a toehold-mediated strand invasion and advance an unanticipated drug targeting concept.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 3B subunit 3
B: Splicing factor 3B subunit 5
C: Splicing factor 3B subunit 1
D: PHD finger-like domain-containing protein 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,8899
ポリマ－219,1584
非ポリマー7315
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area73120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.355, 109.846, 253.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Splicing factor 3B subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 100722.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B3, KIAA0017, SAP130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15393
#2: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B5, SF3B10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BWJ5
#3: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 96615.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3B1, SAP155 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75533

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 11670.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF5A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7RTV0

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非ポリマー , 3種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-T2W / [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate


分子量: 476.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 % / 解説: rod-shaped orthorhombic crystals
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-tris propane pH 7.4, 0.2M KSCN, 12% (w/v) PEG-3350, 10%(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.03 Å / Num. obs: 66573 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 112.16 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 4.094 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4382 / CC1/2: 0.389 / Rpim(I) all: 1.131 / Rrim(I) all: 4.249 / Χ2: 0.96 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19_4092精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFE, 6EN4

5ife

6en4


解像度: 3→49.03 Å / SU ML: 0.535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 5730 5 %
Rwork0.2324 108972 -
obs0.2341 60206 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 112.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14812 0 40 0 14852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003115151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.603520520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.66482069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.030.45371450.44913703X-RAY DIFFRACTION99.84
3.03-3.070.44742140.42253586X-RAY DIFFRACTION99.95
3.07-3.110.44991660.40233651X-RAY DIFFRACTION99.95
3.11-3.150.42151990.36813651X-RAY DIFFRACTION99.79
3.15-3.190.35381880.34083616X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.230.37531900.32673688X-RAY DIFFRACTION99.95
3.23-3.280.35971610.31833584X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.330.3332330.30993688X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.380.36362020.30753521X-RAY DIFFRACTION99.95
3.38-3.430.35221810.31893697X-RAY DIFFRACTION99.95
3.43-3.490.35372180.32383550X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.560.37742220.3343637X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.630.32421850.30823633X-RAY DIFFRACTION99.95
3.63-3.70.39621730.29463658X-RAY DIFFRACTION99.97
3.7-3.780.30292070.28723640X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.870.28941760.27623605X-RAY DIFFRACTION100
3.87-3.960.2532100.2663631X-RAY DIFFRACTION99.95
3.96-4.070.25652280.25893598X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.190.32081690.24763643X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.330.30931550.24273654X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.480.24162400.21913606X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.660.22262130.19963605X-RAY DIFFRACTION100
4.66-4.870.22821770.20083657X-RAY DIFFRACTION100
4.87-5.130.2581790.20343635X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.450.23161630.21153692X-RAY DIFFRACTION100
5.45-5.870.23061840.21153636X-RAY DIFFRACTION100
5.87-6.460.21751950.21533618X-RAY DIFFRACTION100
6.46-7.390.24461950.21243646X-RAY DIFFRACTION100
7.39-9.30.18442040.16653591X-RAY DIFFRACTION100
9.3-49.030.25461580.17873652X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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