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Yorodumi- PDB-7ogs: X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding dom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ogs | ||||||
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Title | X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding domain bound to an interferon-stimulated response element | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / INTERFERON REGULATORY FACTORS / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-DNA INTERACTION / TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / regulation of T-helper cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / immune system process / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of interleukin-2 production ...negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / regulation of T-helper cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / immune system process / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / nucleosome / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | ||||||
Authors | Agnarelli, A. / El Omari, K. / Alt, A.O. / Mancini, E.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding domain bound to interferon-stimulated response element Authors: Agnarelli, A. / El Omari, K. / Alt, A.O. / Mancini, E.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ogs.cif.gz | 349.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ogs.ent.gz | 234.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ogs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ootC 7o56S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 16306.470 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IRF4, MUM1 / Plasmid: pCDFDUET / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q15306 #2: DNA chain | Mass: 6120.960 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 6144.034 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Bis Tris pH 5.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9119 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9119 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→64.35 Å / Num. obs: 35957 / % possible obs: 99.99 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 63.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.41 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 3.086 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 1740 / CC1/2: 0.281 / Rpim(I) all: 1.434 / Rrim(I) all: 3.409 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7O56 Resolution: 2.37→62.81 Å / SU ML: 0.5164 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.5193 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→62.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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