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- PDB-7odz: Dictyostelium discoideum dye decolorizing peroxidase DyPA in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odz
タイトルDictyostelium discoideum dye decolorizing peroxidase DyPA in complex with an activated form of oxygen and veratryl alcohol
要素DyPA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Dye decolorizing-type peroxidase / Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) / B-type DyP
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / protein dimerization activity / heme binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / ベラトリルアルコール / Dyp-type peroxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rai, A. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2155 - 39087428-B11 ドイツ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Dye-Decolorizing Peroxidase from Dictyostelium discoideum .
著者: Rai, A. / Klare, J.P. / Reinke, P.Y.A. / Englmaier, F. / Fohrer, J. / Fedorov, R. / Taft, M.H. / Chizhov, I. / Curth, U. / Plettenburg, O. / Manstein, D.J.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DyPA
B: DyPA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,00913
ポリマ－70,8532
非ポリマー2,15611
水11,133618
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.440, 140.440, 95.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DyPA


分子量: 35426.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: DDB0168077, DDB0217308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q556V8

-
非ポリマー , 5種, 629分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-VOH / Veratryl alcohol / ベラトリルアルコ-ル / ベラトリルアルコール


分子量: 168.190 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M Sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.910003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.910003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.64 Å / Num. obs: 125165 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.26 % / Biso Wilson estimate: 21.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0224 / Net I/σ(I): 25.13
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 33.48 % / Rmerge(I) obs: 0.2786 / Num. unique obs: 20558 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O9J

7o9j


解像度: 1.6→45.11 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1682 6292 5.03 %
Rwork0.1508 118785 -
obs0.1517 125077 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.24 Å2 / Biso mean: 29.6036 Å2 / Biso min: 13.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4930 0 146 622 5698
Biso mean--29.9 43.49 -
残基数----614
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.620.25072150.218339004115
1.62-1.640.21712090.198338734082
1.64-1.660.20152000.188639454145
1.66-1.680.19952160.185738974113
1.68-1.70.21341930.183239484141
1.7-1.720.20322270.174438624089
1.72-1.750.1951870.17239424129
1.75-1.770.19582190.174139134132
1.77-1.80.18451910.163939444135
1.8-1.830.17822090.163639084117
1.83-1.860.16712190.156539314150
1.86-1.90.17721980.149339224120
1.9-1.930.15921980.155639434141
1.93-1.970.16212210.148739274148
1.97-2.020.16912070.145739134120
2.02-2.060.17682110.14839374148
2.06-2.110.18212140.147639474161
2.11-2.170.15891940.1439624156
2.17-2.240.16442030.140339514154
2.24-2.310.16262000.142639534153
2.31-2.390.16292190.148539724191
2.39-2.490.18452350.156939114146
2.49-2.60.16142070.157539784185
2.6-2.740.16992260.16139664192
2.74-2.910.19641890.157840024191
2.91-3.130.16182020.159440104212
3.13-3.450.17082120.145140284240
3.45-3.950.14982240.127640344258
3.95-4.970.14382140.127140914305
4.97-45.110.1692330.168542754508
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2955-0.54850.03414.4460.19822.08530.0380.19280.3906-0.1707-0.06790.1977-0.2444-0.1460.02670.11780.01310.00750.14740.04690.26252.37738.1731.479
24.9889-3.1231-1.4712.09341.44272.62180.17640.34470.6759-0.2171-0.1328-0.4276-0.34910.0043-0.08230.2682-0.03290.01720.24770.10290.322411.47745.328-1.927
31.46540.02290.09170.7665-0.14740.562-0.00810.03770.192-0.01040.0210.0398-0.0831-0.0451-0.01610.18680.01080.00280.16210.01110.17220.03534.9644.419
43.6338-1.27480.90571.421-1.9933.15470.010.5411-0.0776-0.850.00050.05150.1498-0.1291-0.01210.3201-0.0034-0.00280.3470.05420.2089-5.70932.904-13.279
51.69030.8602-0.12793.6336-0.96261.28150.1031-0.1757-0.16790.2663-0.02070.1470.1183-0.0766-0.07040.15680.01450.00060.20130.04030.1793-10.24819.34611.774
64.1991-1.4935-2.52076.33521.62713.51390.03670.2879-0.3532-0.2194-0.05130.43740.1533-0.3162-0.01350.1956-0.026-0.05710.20960.02070.233-16.00212.2622.057
74.70761.60410.21983.38650.9794.1112-0.13170.6402-0.1101-0.53660.0820.5345-0.1265-0.43370.05160.27140.0313-0.06790.27630.01730.26-14.12325.185-5.919
81.919-0.17490.0811.3369-0.47541.01130.03990.09830.1009-0.03030.05890.1795-0.0849-0.102-0.10950.15870.02380.00450.15170.01690.1688-9.69330.5454.978
92.23340.1195-1.2962.5798-1.09434.3455-0.006-0.3157-0.17150.29130.0277-0.05080.24140.06420.04030.1813-0.036-0.04950.16720.02290.126616.27113.43225.619
103.78650.3058-3.26422.3459-1.29148.4165-0.1581-0.2268-0.45710.1086-0.03380.04170.5979-0.22320.25840.2632-0.0242-0.0220.20950.05840.324610.8493.10223.306
111.07570.30590.14831.2146-0.00960.93090.05-0.2188-0.07690.1799-0.0266-0.0226-0.0004-0.0186-0.01470.157-0.0051-0.00830.19360.01820.142217.09618.45924.986
121.28690.1034-0.0843.4439-0.80641.05160.0091-0.0955-0.00080.0297-0.048-0.2181-0.01270.13210.04680.1661-0.0177-0.04150.2157-0.02070.130727.77626.6323.68
133.72570.9383-0.3812.70910.4274.92260.0462-0.07760.07590.13250.0275-0.3674-0.05880.3422-0.04930.185-0.0361-0.03130.1866-0.03130.260937.2237.44220.407
145.63920.4663-0.04334.38850.87613.9534-0.0032-0.2157-0.12830.37320.0565-0.83480.11680.8393-0.06580.23670.0086-0.06030.31330.0190.290436.59123.16926.565
151.30840.07550.29741.7182-0.11941.3718-0.002-0.20860.04390.31010.0017-0.1473-0.16730.13970.00880.2128-0.0329-0.01390.2098-0.01650.152524.86730.83628.664
164.37180.44230.129.93792.18723.77650.0672-0.2237-0.59460.1953-0.0099-0.26890.4530.0361-0.04940.2551-0.0103-0.0410.26080.07830.21521.3817.48330.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:27 )A0 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 28:51 )A28 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 52:155 )A52 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 156:175 )A156 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 176:202 )A176 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 203:226 )A203 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 227:241 )A227 - 241
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 242:306 )A242 - 306
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 0:27 )B0 - 27
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 28:51 )B28 - 51
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 52:155 )B52 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 156:202 )B156 - 202
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 203:226 )B203 - 226
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 227:241 )B227 - 241
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 242:292 )B242 - 292
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 293:306 )B293 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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