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- PDB-7odh: Crystal structure of the O2-tolerant MBH-P242C from Ralstonia eut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odh
タイトルCrystal structure of the O2-tolerant MBH-P242C from Ralstonia eutropha in its as-isolated state
要素(Uptake hydrogenase ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / NIFE (ニフェ) / HYDROGENASE (ヒドロゲナーゼ) / KNALLGASBACTERIA / PROTEOBACTERIA / AEROBIC HYDROGEN BACTERIA / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HYDROGEN CATALYSIS / METALLOENZYME (金属タンパク質) / METALLOPROTEIN (金属タンパク質) / CATALYTIC CENTER / BIMETALLIC / NI-FE ACTIVE SITE / T-CLUSTER / OXIDIZED STATE / OXYGEN-TOLERANT HYDROGENASE / MEMBRANE (生体膜) / MEMBRANE-BOUND (生体膜) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE COMPLEX / P242C / MEDIAL CLUSTER / ELECTRON RELAY / CUBANE CLUSTER / LOW POTENTIAL / CLUSTER TUNING
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒドロゲナーゼ (受容体) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...ヒドロゲナーゼ (受容体) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
[NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase ...[NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
FE4-S3 CLUSTER / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER / 酸素 / 鉄・硫黄クラスター / Uptake hydrogenase large subunit / Uptake hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Schmidt, A. / Kalms, J. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)UniSysCat ドイツ
German Research Foundation (DFG)UniCat ドイツ
引用ジャーナル: J Raman Spectrosc / 年: 2021
タイトル: Resonance Raman spectroscopic analysis of the iron-sulfur cluster redox chain of the Ralstonia eutropha membrane-bound [NiFe]-hydrogenase
著者: Siebert, E. / Schmidt, A. / Frielingsdorf, S. / Kalms, J. / Kuhlmann, U. / Lenz, O. / Scheerer, P. / Zebger, I. / Hildebrandt, P.
履歴
登録2021年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Uptake hydrogenase large subunit
S: Uptake hydrogenase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,79514
ポリマ－103,3282
非ポリマー1,46712
水16,736929
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.606, 95.676, 120.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Uptake hydrogenase ... , 2種, 2分子 LS

#1: タンパク質 Uptake hydrogenase large subunit / Hydrogenlyase / Membrane-bound hydrogenase large subunit


分子量: 67247.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337) (バクテリア)
株: ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337 / 遺伝子: hoxG, PHG002 / 発現宿主: Cupriavidus necator H16 (バクテリア) / 参照: UniProt: P31891, ヒドロゲナーゼ (受容体)
#2: タンパク質 Uptake hydrogenase small subunit / Hydrogenlyase / Membrane-bound hydrogenase small subunit


分子量: 36081.051 Da / 分子数: 1 / Mutation: P242C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (strain ATCC 17699 / DSM 428 / KCTC 22496 / NCIMB 10442 / H16 / Stanier 337) (バクテリア)
株: ATCC 17699 / DSM 428 / KCTC 22496 / NCIMB 10442 / H16 / Stanier 337
遺伝子: hoxK, PHG001 / 発現宿主: Cupriavidus necator H16 (バクテリア) / 参照: UniProt: P31892, ヒドロゲナーゼ (受容体)

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非ポリマー , 7種, 941分子

#3: 化合物 ChemComp-NFV / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER


分子量: 210.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2NiO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水 / 酸素


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#8: 化合物 ChemComp-F4S / FE4-S3 CLUSTER / T-CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350 5.5-6.5 pH 0.1M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→52.59 Å / Num. obs: 190645 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.34→1.39 Å / Num. unique obs: 27250 / CC1/2: 0.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IUB

4iub


解像度: 1.34→52.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 1.476 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1327 9578 5 %RANDOM
Rwork0.1122 ---
obs0.1133 180964 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.14 Å2 / Biso mean: 19.1454 Å2 / Biso min: 8.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0 Å20 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→52.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6776 0 42 933 7751
Biso mean--14.67 31.96 -
残基数----865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0137238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.6429905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4141.57815691
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 1 (DEGREES)6.7545949
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 2 (DEGREES)32.55222.255377
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 3 (DEGREES)11.705151212
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES. PERIOD 4 (DEGREES)16.6931546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021678
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.791314016
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.375 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 706 -
Rwork0.219 12906 -
all-13612 -
obs--97.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00920.00730.00240.01710.00170.00760.0004-0.00090.00150.0001-0.00060.0014-0.0005-0.00070.00010.0045000.00010.00010.0068-1.717-2.801-7.009
20.00450.0033-0.00040.013-0.00050.0121-0.00180.00150.0004-0.00250.0009-0.0018-0.00030.00240.00090.0055-0.00030.00040.0012-0.00020.006913.7415.633-24.871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L3 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2S4 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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