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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o7v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rsEGFP2 mutant V151A in the fluorescent on-state determined by serial femtosecond crystallography at room temperature | ||||||
要素 | Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Reversibly photoswitchable fluorescent protein | ||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hadjidemetriou, K. / Coquelle, N. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I. / Colletier, J.-P. / Weik, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2022 タイトル: Rational Control of Off-State Heterogeneity in a Photoswitchable Fluorescent Protein Provides Switching Contrast Enhancement. 著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / ...著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Eleni Christou, N. / Coquelle, N. / De la Mora, E. / El Khatib, M. / Moreno Chicano, T. / Bruce Doak, R. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Glushonkov, O. / Gorel, A. / Grunbein, M.L. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Liang, M. / Mantovanelli, A. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Owada, S. / Roome, C.M. / Schiro, G. / Seaberg, M. / Stricker, M. / Thepaut, M. / Tono, K. / Ueda, K. / Uriarte, L.M. / You, D. / Zala, N. / Domratcheva, T. / Jakobs, S. / Sliwa, M. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Bourgeois, D. / Weik, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o7v.cif.gz | 69.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o7v.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ambC 7amfC 7o7cC 7o7dC 7o7eC 7o7hC 7o7uC 7o7wC 7o7xC 5o89S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28504.148 Da / 分子数: 1 変異: M1_S2insV, F64L, S65T, H231L, A206K, Q69L, V163S, T65A, V150A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 2 M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.265 Å |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.265 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→24.4 Å / Num. obs: 19739 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 148 % / Biso Wilson estimate: 44.52 Å2 / CC star: 0.999 / R split: 0.063 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1293 / CC star: 0.891 / R split: 0.736 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5O89 解像度: 1.9→24.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.589 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 184.6 Å2 / Biso mean: 45.201 Å2 / Biso min: 31.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→24.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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