+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o7d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of rsEGFP2 mutant V151A in the fluorescent on-state determined by synchrotron radiation at 100K | ||||||
要素 | Green fluorescent protein | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / Reversibly photoswitchable fluorescent protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Woodhouse, J. / Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Colletier, J.-P. / Weik, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2022 タイトル: Rational Control of Off-State Heterogeneity in a Photoswitchable Fluorescent Protein Provides Switching Contrast Enhancement. 著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / ...著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Eleni Christou, N. / Coquelle, N. / De la Mora, E. / El Khatib, M. / Moreno Chicano, T. / Bruce Doak, R. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Glushonkov, O. / Gorel, A. / Grunbein, M.L. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Liang, M. / Mantovanelli, A. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Owada, S. / Roome, C.M. / Schiro, G. / Seaberg, M. / Stricker, M. / Thepaut, M. / Tono, K. / Ueda, K. / Uriarte, L.M. / You, D. / Zala, N. / Domratcheva, T. / Jakobs, S. / Sliwa, M. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Bourgeois, D. / Weik, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o7d.cif.gz | 76.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7o7d.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o7d_validation.pdf.gz | 424.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7o7d_full_validation.pdf.gz | 426.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o7d_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o7d_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ambC 7amfC 7o7cC 7o7eC 7o7hC 7o7uC 7o7vC 7o7wC 7o7xC 5dtxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28504.148 Da / 分子数: 1 変異: M1_S2insV, F64L, S65T, H231L, A206K, Q69L, V163S, T65A, V150A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM HEPES pH 7.8 - 8.4 and 1.7 - 2.4 M ammonium sulfate PH範囲: 7.8 - 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→46.28 Å / Num. obs: 42980 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 17.26 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 2669 / CC1/2: 0.853 / Rrim(I) all: 0.425 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DTX 解像度: 1.4→46.28 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.03 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.51 Å2 / Biso mean: 18.3382 Å2 / Biso min: 7.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→46.28 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
|