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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rsEGFP2 mutant V151A in the non-fluorescent off-state determined by synchrotron radiation at 100K | ||||||
要素 | Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Reversibly photoswitchable fluorescent protein | ||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 緑色蛍光タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Woodhouse, J. / Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Colletier, J.-P. / Weik, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2022 タイトル: Rational Control of Off-State Heterogeneity in a Photoswitchable Fluorescent Protein Provides Switching Contrast Enhancement. 著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / ...著者: Adam, V. / Hadjidemetriou, K. / Jensen, N. / Shoeman, R.L. / Woodhouse, J. / Aquila, A. / Banneville, A.S. / Barends, T.R.M. / Bezchastnov, V. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, M. / Carbajo, S. / Eleni Christou, N. / Coquelle, N. / De la Mora, E. / El Khatib, M. / Moreno Chicano, T. / Bruce Doak, R. / Fieschi, F. / Foucar, L. / Glushonkov, O. / Gorel, A. / Grunbein, M.L. / Hilpert, M. / Hunter, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Lane, T.J. / Liang, M. / Mantovanelli, A. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Owada, S. / Roome, C.M. / Schiro, G. / Seaberg, M. / Stricker, M. / Thepaut, M. / Tono, K. / Ueda, K. / Uriarte, L.M. / You, D. / Zala, N. / Domratcheva, T. / Jakobs, S. / Sliwa, M. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Bourgeois, D. / Weik, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o7c.cif.gz | 75.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o7c.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ambC 7amfC 7o7dC 7o7eC 7o7hC 7o7uC 7o7vC 7o7wC 7o7xC 5dtxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28504.148 Da / 分子数: 1 変異: M1_S2insV, F64L, S65T, H231L, A206K, Q69L, V163S, T65A, V150A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.74 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM HEPES pH 7.8 - 8.4 and 1.7 - 2.4 M ammonium sulfate PH範囲: 7.8 - 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→40.57 Å / Num. obs: 29619 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 14.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 2528 / CC1/2: 0.707 / Rrim(I) all: 0.606 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DTX 解像度: 1.55→40.57 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.6 Å2 / Biso mean: 20.9657 Å2 / Biso min: 7.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→40.57 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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