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- PDB-7nzz: Ras1 guanine nucleotide exchange factor Cdc25 (REM and catalytic ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nzz | ||||||
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Title | Ras1 guanine nucleotide exchange factor Cdc25 (REM and catalytic domains) | ||||||
![]() | Cell division control protein 25 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / filamentous growth / cellular response to starvation / cAMP-mediated signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of GTPase activity / Ras protein signal transduction / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manso, J.A. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Pathogen-specific structural features of Candida albicans Ras1 activation complex: uncovering new antifungal drug targets Authors: Manso, J.A. / Carabias, A. / Sarkany, Z. / de Pereda, J.M. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 418.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 284.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4us0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54963.793 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 Gene: CDC25, CSC25, CAALFM_C303890WA, CaO19.14188, CaO19.6926 Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.43 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 23% (w/v) PEG 3350, 0.25 M sodium malonate dibasic monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.45→43.22 Å / Num. obs: 38604 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 45.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.454→2.496 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1893 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.75 / Rrim(I) all: 1.685 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4US0 Resolution: 2.45→43.22 Å / SU ML: 0.3175 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.9587 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→43.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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