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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nyy | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the MukBEF monomer | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SMC-kleisin complex / ATPase (ATPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 核様体 / chromosome condensation / acyl carrier activity / chromosome segregation / DNA複製 / 細胞分裂 / calcium ion binding / DNA binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Photorhabdus thracensis (バクテリア) Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | ||||||
データ登録者 | Buermann, F. / Lowe, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of MukBEF reveals DNA loop entrapment at chromosomal unloading sites. 著者: Frank Bürmann / Louise F H Funke / Jason W Chin / Jan Löwe / 要旨: The ring-like structural maintenance of chromosomes (SMC) complex MukBEF folds the genome of Escherichia coli and related bacteria into large loops, presumably by active DNA loop extrusion. MukBEF ...The ring-like structural maintenance of chromosomes (SMC) complex MukBEF folds the genome of Escherichia coli and related bacteria into large loops, presumably by active DNA loop extrusion. MukBEF activity within the replication terminus macrodomain is suppressed by the sequence-specific unloader MatP. Here, we present the complete atomic structure of MukBEF in complex with MatP and DNA as determined by electron cryomicroscopy (cryo-EM). The complex binds two distinct DNA double helices corresponding to the arms of a plectonemic loop. MatP-bound DNA threads through the MukBEF ring, while the second DNA is clamped by the kleisin MukF, MukE, and the MukB ATPase heads. Combinatorial cysteine cross-linking confirms this topology of DNA loop entrapment in vivo. Our findings illuminate how a class of near-ubiquitous DNA organizers with important roles in genome maintenance interacts with the bacterial chromosome. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: DNA entrapment revealed by the structure of bacterial condensin MukBEF 著者: Buermann, F. / Funke, L.F.H. / Chin, J.W. / Lowe, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nyy.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nyy.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nyy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 12658MC 7nywC 7nyxC 7nyzC 7nz0C 7nz2C 7nz3C 7nz4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10755 (タイトル: MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP Data size: 8.5 TB Data #1: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 2 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 3, grid 1 [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 3, grid 2 [micrographs - multiframe] Data #5: Unaligned multi-frame images of MukBEF(E1407Q)-MatP-DNA in the presence of ATP - Dataset 3, grid 3 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 170240.188 Da / 分子数: 2 / 変異: E1407Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus thracensis (バクテリア) 遺伝子: mukB, VY86_15870 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7LRY2 #2: タンパク質 | 分子量: 50193.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus thracensis (バクテリア) 遺伝子: mukF, VY86_15860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7LMQ4 #3: タンパク質 | 分子量: 27423.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus thracensis (バクテリア) 遺伝子: mukE, VY86_15865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7LPV6 #4: タンパク質 | 分子量: 8645.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6D2XA84 #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.3 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96150 / 対称性のタイプ: POINT |