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- PDB-7nx8: Crystal structure of the K417T mutant receptor binding domain of ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nx8 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the K417T mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs | |||||||||
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Function / homology | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2. Authors: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, ...Authors: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, J. / Walter, T.S. / Skelly, D. / Costa Clemens, S.A. / Naveca, F.G. / Nascimento, V. / Nascimento, F. / Fernandes da Costa, C. / Resende, P.C. / Pauvolid-Correa, A. / Siqueira, M.M. / Dold, C. / Levin, R. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S.C. / Carroll, M.W. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Hulswit, R.J.G. / Bowden, T.A. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. #1: ![]() Title: Antibody evasion by the Brazilian P.1 strain of SARS-CoV-2 Authors: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Lopez-Camacho, C. / ...Authors: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, J. / Walter, T.S. / Skelly, D. / Clemens, S.A.C. / Naveca, F.G. / Nascimento, V. / Nascimento, F. / Dold, C. / Levin, R. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S. / Carroll, M.W. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Hulswit, R.J.G. / Bowden, T.A. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 356.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nx6SC ![]() 7nx7C ![]() 7nx9C ![]() 7nxaC ![]() 7nxbC ![]() 7nxcC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 4 types, 4 molecules HLAB
#1: Antibody | Mass: 24346.273 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23315.855 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Antibody | Mass: 23461.182 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: Antibody | Mass: 23327.857 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules E![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Protein | Mass: 23122.814 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: S, 2 / Production host: ![]() ![]() |
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#6: Sugar | ChemComp-NAG / ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 346 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ![]() #8: Chemical | ChemComp-PEG / ![]() #9: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #10: Chemical | ChemComp-CIT / | ![]() #11: Chemical | ChemComp-CL / ![]() #12: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.81 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.95→81 Å / Num. obs: 106251 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 5188 / CC1/2: 0.354 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 7NX6 Resolution: 1.95→80.62 Å / SU ML: 0.2956 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.9217 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→80.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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