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Yorodumi- PDB-7nqf: Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nqf | ||||||||||||
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Title | Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinitoga sp. 1137 with dsDNA | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / AEP Archaeo-Eukaryotic Primase Apo Prim-Pol Primase-Polymerase Primase Polymerase | ||||||||||||
Function / homology | Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / GTP binding / metal ion binding / : / DNA / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Marinitoga sp. 1137 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | ||||||||||||
Authors | Li, A.W.H. / Doherty, A.J. | ||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 3items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2022 Title: Molecular basis for the initiation of DNA primer synthesis. Authors: Li, A.W.H. / Zabrady, K. / Bainbridge, L.J. / Zabrady, M. / Naseem-Khan, S. / Berger, M.B. / Kolesar, P. / Cisneros, G.A. / Doherty, A.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nqf.cif.gz | 269.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nqf.ent.gz | 176.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nqf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7nqdSC 7nqeC 7p9jC 7qazC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25837.697 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Marinitoga sp. 1137 (bacteria) / Strain: DSM 14283 / JCM 11233 / KA3 / Gene: Marpi_0402 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: H2J4R1 #2: DNA chain | Mass: 1825.216 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-CO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Sodium cacodylate PEG 4000 Sodium Chloride Spermine Cobalt chloride Guanosine triphosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9159 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 17, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.02→80.18 Å / Num. obs: 33089 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 34.34 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 5.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.06 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.986 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1622 / CC1/2: 0.321 / Rpim(I) all: 1.059 / Rrim(I) all: 2.257 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7NQD Resolution: 2.02→69.44 Å / SU ML: 0.3356 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.837 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→69.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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