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- PDB-7nq4: Human tRNA guanine transglycosylase (TGT), RNA-bound covalent int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nq4
タイトルHuman tRNA guanine transglycosylase (TGT), RNA-bound covalent intermediate
要素
  • (Queuine tRNA-ribosyltransferase ...) x 2
  • RNAリボ核酸
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / tRNA modification / queuine incorporation / RNA complex (リボ核酸) / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / tRNA modification / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / tRNA modification / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit QTRTD1 / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAGUANINE / リボ核酸 / RNA (> 10) / Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sievers, K. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional insights into human tRNA guanine transgylcosylase.
著者: Sievers, K. / Welp, L. / Urlaub, H. / Ficner, R.
履歴
登録2021年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
C: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7306
ポリマ－97,4493
非ポリマー2813
水724
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
C: RNA
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
C: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,46112
ポリマ－194,8996
非ポリマー5626
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area16660 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area57510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.840, 56.960, 102.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.935, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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Queuine tRNA-ribosyltransferase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 44251.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D279 is covalently bound to guanine 34 (chain C) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QTRT1, TGT, TGUT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BXR0, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1


分子量: 46775.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QTRT2, QTRTD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H974

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 C

#3: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 6421.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: guanine 34 is covalently linked to D279 (chain A) / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-9DG / 9-DEAZAGUANINE / 9-デアザグアニン


分子量: 150.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 38.38 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 1500, MMT pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→42.2 Å / Num. obs: 17591 / % possible obs: 81.6 % / 冗長度: 6.788 % / Biso Wilson estimate: 67.811 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル解像度: 2.88→2.98 Å / 冗長度: 6.985 % / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.876 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8.0267精密化
PHENIXv1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASERv2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H42, 6FV5

6h42

6fv5


解像度: 2.88→42.2 Å / SU ML: 0.4209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.5249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 878 5 %
Rwork0.2117 16672 -
obs0.2135 17550 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5965 414 13 4 6396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00756564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41428983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09651034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.46252487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-3.060.41731450.38792755X-RAY DIFFRACTION99.62
3.06-3.30.38981460.33742752X-RAY DIFFRACTION98.84
3.3-3.630.30951440.26392748X-RAY DIFFRACTION99.48
3.63-4.150.22921460.2122775X-RAY DIFFRACTION99.08
4.15-5.230.21171460.16542784X-RAY DIFFRACTION99.36
5.23-42.20.19231510.16012858X-RAY DIFFRACTION98.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.938657001950.3969418074010.338294330631.162299389250.4163517985282.005310654990.106186070267-0.588327190462-0.07011259059360.137226213663-0.120990935459-0.0892480742230.04491769371710.29109864182-2.21976572171E-50.559561416697-0.0100290847625-0.004753834495050.7117426658140.09054122884280.61604128089728.5200911412-24.742810473833.5431203241
21.88886365361-0.1744832602860.715021648141.44167899921-0.3916475203191.61434647108-0.07313006031040.568883137639-0.110343398065-0.2131401010690.05004413141810.02589077926950.1576644883520.343281520575-5.32252579308E-100.639747483335-0.07904632126560.04967964329090.64806960845-0.09663592126120.60412484675718.1117081071-30.4747246117-9.56342941669
30.123471674523-0.01928273979520.0156712551894-0.0535225320674-0.009419162096240.140520981571-0.351645021288-0.1687522924310.172898572748-0.13951268062-0.280496363293-0.000293643735844-0.299965879331-0.578437345702-0.0004467699860720.7934035703990.0869796561179-0.1203970654270.94188370788-0.07045373939920.86541084825211.0809737074-14.739766204821.2471773763
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA - C14 - 6011
22chain BBD - E1 - 5011
33chain CCF25 - 44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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