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- PDB-7npq: Crystal structure of the human LL37(17-29) I24C mutant antimicrob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7npq
タイトルCrystal structure of the human LL37(17-29) I24C mutant antimicrobial peptide
要素Cathelicidin antimicrobial peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / LL-37 / functional fibril / helical fibril / AMPs / cys mutant / design (デザイン) / ANTIMICROBIAL peptide (抗微生物ペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidin / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathelicidin antimicrobial peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
Model detailsAntimicrobial
データ登録者Landau, M. / Engelberg, Y.
引用ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Rare by Natural Selection: Disulfide-Bonded Supramolecular Antimicrobial Peptides.
著者: Engelberg, Y. / Ragonis-Bachar, P. / Landau, M.
履歴
登録2021年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathelicidin antimicrobial peptide
B: Cathelicidin antimicrobial peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4282
ポリマ－3,4282
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area3200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.920, 34.920, 44.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-109-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cathelicidin antimicrobial peptide / 18 kDa cationic antimicrobial protein / CAP-18 / hCAP-18


分子量: 1714.109 Da / 分子数: 2
断片: Antimicrobial core segment of human LL37 (residues 17-29) I8C mutant
由来タイプ: 合成 / 詳細: Human LL-37(17-29) I24C mutant, synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The LL-37(17-29) I24C peptide was mixed with 0.1mM DTT in water: Reservoir contained 2.8 M sodium acetate trihydrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→27.49 Å / Num. obs: 4721 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.571 % / Biso Wilson estimate: 29.339 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 19.87 / Num. measured all: 35742
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.553.7730.6582.1714454213830.6990.75191
1.55-1.66.3280.5214.3924113823810.880.56799.7
1.6-1.78.1530.3866.8352106396390.9530.413100
1.7-1.88.2620.23510.3841315005000.9890.251100
1.8-2.18.320.1117.988345100310030.9970.117100
2.1-2.58.1340.06130.6658087157140.9960.06599.9
2.5-37.9550.04735.8735404454450.9980.05100
3-4.57.8120.04240.2434924474470.9990.045100
4.5-106.8180.03438.6212751901870.9970.03798.4
10-27.493.8640.01828.9685252210.0288

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBid 6S6M with residues mutated to alanine

6s6m


解像度: 1.5→27.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.1948 / WRfactor Rwork: 0.1894 / FOM work R set: 0.8614 / SU B: 1.354 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.082 / SU Rfree: 0.0757 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1917 472 10 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.1803 4249 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83 Å2 / Biso mean: 28.058 Å2 / Biso min: 15.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→27.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数240 0 0 16 256
Biso mean---39.54 -
残基数----26
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.013262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.018289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.702344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4841.641655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.171527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.50715.45522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.691563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.453157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0285
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 29 -
Rwork0.469 267 -
all-296 -
obs--88.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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