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- PDB-7ng2: Crystal structure of Toxoplasma CPSF4-YTH domain in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ng2
タイトルCrystal structure of Toxoplasma CPSF4-YTH domain in apo form
要素Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / YTH / Cleavage and Polyadenylation / RNA (リボ核酸) / m6A
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YTH domain containing protein / Zinc finger, CCCH-type superfamily / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Swale, C. / Bowler, M.W.
資金援助 フランス, European Union, 2件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-11-LABX-0024 フランス
European Research Council (ERC)614880European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A plant-like mechanism coupling m6A reading to polyadenylation safeguards transcriptome integrity and developmental gene partitioning in Toxoplasma .
著者: Farhat, D.C. / Bowler, M.W. / Communie, G. / Pontier, D. / Belmudes, L. / Mas, C. / Corrao, C. / Coute, Y. / Bougdour, A. / Lagrange, T. / Hakimi, M.A. / Swale, C.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5082
ポリマ－18,4481
非ポリマー601
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area8270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.180, 40.180, 202.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger (CCCH type) motif-containing protein / CPSF4


分子量: 18447.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_201200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: S8F6K2
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20 % PEG 4000, 20% isopropanol and 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→34.53 Å / Num. obs: 49444 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.23→1.274 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4552 / CC1/2: 0.427 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータスケーリング
PHENIXデータ削減
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.17.1精密化
PDB-REDOモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4r3i

4r3i


解像度: 1.23→34.53 Å / SU ML: 0.1571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8726
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 2500 5.06 %
Rwork0.1767 46941 -
obs0.1781 49441 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 0 4 150 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00461337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77091822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0789193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5699496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.3161510.31262451X-RAY DIFFRACTION97.27
1.28-1.310.28681510.26822551X-RAY DIFFRACTION99.59
1.31-1.340.24961390.22852576X-RAY DIFFRACTION99.96
1.34-1.370.21881050.19652585X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.410.23191310.18562581X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.450.22061470.18422595X-RAY DIFFRACTION99.93
1.45-1.50.23881410.18452603X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.22411380.1792589X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.610.19691550.15942570X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.690.17631350.14342600X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.770.17721380.13742606X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.890.17091380.16272617X-RAY DIFFRACTION100
1.89-2.030.19681300.16662668X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.230.16781300.15712669X-RAY DIFFRACTION99.89
2.23-2.560.19351580.1682651X-RAY DIFFRACTION99.93
2.56-3.220.22751460.18222722X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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