+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7na9 | ||||||
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Title | Crystal structure of BoNT/B-LC-JSG-C1 | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / neurotoxin / enzyme / inhibitor / antitoxin | ||||||
Function / homology | Function and homology information Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.76 Å | ||||||
Authors | Lam, K. / Jin, R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2022 Title: Probing the structure and function of the protease domain of botulinum neurotoxins using single-domain antibodies. Authors: Lam, K.H. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Ichtchenko, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7na9.cif.gz | 288.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7na9.ent.gz | 202 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7na9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/7na9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/7na9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7l6vC 7lzpC 7m1hC 7t5fC 1f82S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51445.602 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Gene: botB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P10844 | ||||||
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#2: Antibody | Mass: 14466.045 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ZN / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→101.9 Å / Num. obs: 61223 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 22.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 20.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 3060 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.328 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1F82 Resolution: 1.76→52.6 Å / SU ML: 0.2231 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.6307 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→52.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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