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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n1j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FGFR4 domain 3 in complex with a de novo-designed mini-binder | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Receptor tyrosine kinase (受容体型チロシンキナーゼ) / Complex / Binder / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of catalytic activity / fibroblast growth factor binding / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / 小胞 / FRS-mediated FGFR4 signaling / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / glucose homeostasis / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / エンドソーム / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Park, J.S. / Lee, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Design of protein-binding proteins from the target structure alone. 著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / ...著者: Cao, L. / Coventry, B. / Goreshnik, I. / Huang, B. / Sheffler, W. / Park, J.S. / Jude, K.M. / Markovic, I. / Kadam, R.U. / Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Walsh, S.T.R. / Bennett, N. / Phal, A. / Yang, A. / Kozodoy, L. / DeWitt, M. / Picton, L. / Miller, L. / Strauch, E.M. / DeBouver, N.D. / Pires, A. / Bera, A.K. / Halabiya, S. / Hammerson, B. / Yang, W. / Bernard, S. / Stewart, L. / Wilson, I.A. / Ruohola-Baker, H. / Schlessinger, J. / Lee, S. / Savvides, S.N. / Garcia, K.C. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n1j.cif.gz | 95 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n1j.ent.gz | 56.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n1j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14271.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22455, 受容体型チロシンキナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 7535.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M MES (pH 6.0), 20% PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 9194 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.17 Å / Num. unique obs: 1452 / CC1/2: 0.952 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CVS 解像度: 2.99→46.56 Å / SU ML: 0.1962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.0254 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→46.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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