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万見
- PDB-7mp0: CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 1D-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mp0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE BOVINE ARRESTIN 1 IN COMPLEX WITH 1D-MYO-INOSITOL 5-DIPHOSPHATE PENTAKISPHOSPHATE (5-PP IP5)
要素S-arrestin
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / rhodopsin (ロドプシン) / phototransduction / inositol (イノシトール) / 5PP-IP5 / IP7
機能・相同性
機能・相同性情報


opsin binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / phosphoprotein binding / シグナル伝達 / 生体膜 ...opsin binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G protein-coupled receptor internalization / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / phosphoprotein binding / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / アレスチン / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / Chem-I7P / S-arrestin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sander, C.L. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural evidence for visual arrestin priming via complexation of phosphoinositols.
著者: Sander, C.L. / Luu, J. / Kim, K. / Furkert, D. / Jang, K. / Reichenwallner, J. / Kang, M. / Lee, H.J. / Eger, B.T. / Choe, H.W. / Fiedler, D. / Ernst, O.P. / Kim, Y.J. / Palczewski, K. / Kiser, P.D.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-arrestin
B: S-arrestin
C: S-arrestin
D: S-arrestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,12910
ポリマ－181,3394
非ポリマー3,7906
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.995, 186.822, 90.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA9 - 3869 - 386
21LYSLYSBB9 - 3869 - 386
12LEULEUAA9 - 3859 - 385
22LEULEUCC9 - 3859 - 385
13ASNASNAA9 - 3849 - 384
23ASNASNDD9 - 3849 - 384
14LEULEUBB9 - 3859 - 385
24LEULEUCC9 - 3859 - 385
15LEULEUBB9 - 3859 - 385
25LEULEUDD9 - 3859 - 385
16LEULEUCC9 - 3859 - 385
26LEULEUDD9 - 3859 - 385

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
S-arrestin / 48 kDa protein / Retinal S-antigen / S-AG / Rod photoreceptor arrestin


分子量: 45334.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P08168
#2: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル / 2-Ethoxyethanol


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物
ChemComp-I7P / (1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / 1D-myo-inositol 5-diphosphate 1,2,3,4,6-pentakisphosphate / D-myo-イノシト-ル1,2,3,4,6-ペンタキスりん酸5-二りん酸


分子量: 740.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H19O27P7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-tris propane pH 7, 35% 2-Ethoxyethanol, 0.001 M Magnesium acetate, 5 mM 1D-myo-inositol 5-diphosphate pentakisphosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 88724 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.16
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 1.772 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 14073 / CC1/2: 0.611

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7JTB

7jtb


解像度: 2.6→49.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.171 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 4431 5 %RANDOM
Rwork0.2215 ---
obs0.2227 84114 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 238.04 Å2 / Biso mean: 86.191 Å2 / Biso min: 39.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.71 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.65 Å2-0 Å2
3----5.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11500 0 206 53 11759
Biso mean--198.09 64.19 -
残基数----1461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01311930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01711479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.66216239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0421.57726543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.41951450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7222.585561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.804152099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2161568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022488
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101730.12
12B101730.12
21A108290.08
22C108290.08
31A103430.12
32D103430.12
41B100850.11
42C100850.11
51B107160.09
52D107160.09
61C103010.11
62D103010.11
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 320 -
Rwork0.412 5970 -
all-6290 -
obs--96.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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