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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mmw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Class Ie Ribonucleotide Reductase Beta Subunit from Aerococcus urinae (in alternate conformation) | ||||||
要素 | Ribonucleoside-diphosphate reductaseリボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ribonucleotide reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) / beta subunit / RNR / R2 / class Ie / metal-free (金属量) / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonucleoside-diphosphate reductase complex / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aerococcus urinae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Palowitch, G.M. / Boal, A.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Ribonucleotide Reductase 著者: Palowitch, G.M. / Boal, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mmw.cif.gz | 150.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mmw.ent.gz | 116.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mmw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/7mmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/7mmw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39320.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aerococcus urinae (strain ACS-120-V-Col10a) (バクテリア) 株: ACS-120-V-Col10a / 遺伝子: HMPREF9243_0731 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: F2I8X9, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.69 % / Mosaicity: 0.326 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPBS pH 8.5, 10 mM sodium dithionite |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 86931 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.021 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.024 / Χ2: 0.736 / Net I/σ(I): 21.2 / Num. measured all: 343382 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EBO 解像度: 1.55→33.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.263 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.083 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 38.15 Å2 / Biso mean: 12.004 Å2 / Biso min: 5.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→33.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.591 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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