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Yorodumi- PDB-7mku: Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mku | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana | ||||||||||||||||||
Components | Enoyl-CoA hydratase 2, peroxisomal | ||||||||||||||||||
Keywords | LYASE / hydratase / hot-dog fold / PLANT PROTEIN | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information : / fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / enoyl-CoA hydratase 2 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peroxisome / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.648 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Power, S.K. / Korasick, D.A. / Jez, J.M. / Strader, L.C. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of ENOYL COA-HYDRATASE2 from Arabidopsis thaliana Authors: Korasick, D.A. / Powers, S.K. / Jez, J.M. / Strader, L.C. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mku.cif.gz | 249 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mku.ent.gz | 207.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mku.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/7mku | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 36477.898 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: ECH2, At1g76150, T23E18.38, T23E18.9 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8VYI3, enoyl-CoA hydratase 2 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.9 Å3/Da / Density % sol: 74.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 15% (v/v) reagent alcohol, 100 mM CHES pH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.648→40 Å / Num. obs: 38368 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.648→38.897 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 18.22 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.5 Å2 / Biso mean: 42.6272 Å2 / Biso min: 17.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.648→38.897 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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