PDB-7m6b: The Crystal Structure of Mcbe1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m6b

タイトル

The Crystal Structure of Mcbe1

要素

Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

DNAメチルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

methyl transferase (メチルトランスフェラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

Damメチラーゼ /

site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Target highlights in CASP14: Analysis of models by structure providers.
著者: Alexander, L.T. / Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Adamopoulos, A. / Alahuhta, M. / Arvin, A.M. / Bomble, Y.J. / Bottcher, B. / Breyton, C. / Chiarini, V. / Chinnam, N.B. / Chiu, W. / ...

履歴

登録	2021年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m6b.cif.gz	130.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m6b.ent.gz	94.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/7m6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/7m6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oc9C 2dpmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gbe-2 4gbe-4 4gon-4 4gom-3 4gon-2 4gol-4 4gon-3 1k7k-d 4glv-2 2ore-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

ヘテロ分子

69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.446, 73.750, 160.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 266 / Label seq-ID: 1 - 266

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / DNAメチルトランスフェラーゼ分子量: 33831.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (strain ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320) (バクテリア) 株: ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320 / 遺伝子: Athe_2437 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9MNH4, Damメチラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH 4.0 and 1.0 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月26日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射	モノクロメーター: HELIOS MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.429 Å / Num. obs: 50187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.39 % / R_sym value: 0.0766 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.07 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 7031 / R_sym value: 0.5786 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOLREP		位相決定
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PROTEUM PLUS		データ収集
PROTEUM PLUS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DPM

2dpm

解像度: 1.9→43.429 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.506 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	2498	4.989 %
R_work	0.2057	47568	-
all	0.208	-	-
obs	-	50066	99.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.451 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.69 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.429 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3928	0	88	393	4409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.649	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.323	1.583	8990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.079	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.765	22.768	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.691	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.595	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.155	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.652	2.964	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.652	2.964	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.926	4.422	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.926	4.423	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.289	3.282	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.289	3.282	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.155	4.77	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.154	4.769	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.384	34.631	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.301	34.279	4831
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.13	0.05	7465

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12978	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12978	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.351	180	0.332	3463	X-RAY DIFFRACTION	99.8082
1.949-2.003	0.324	179	0.311	3398	X-RAY DIFFRACTION	99.9721
2.003-2.061	0.331	153	0.283	3299	X-RAY DIFFRACTION	99.9132
2.061-2.124	0.305	174	0.274	3170	X-RAY DIFFRACTION	99.9104
2.124-2.194	0.29	158	0.249	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.9086
2.194-2.271	0.258	175	0.229	3003	X-RAY DIFFRACTION	99.9685
2.271-2.356	0.273	153	0.23	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.8346
2.356-2.452	0.273	133	0.208	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.798
2.452-2.561	0.267	149	0.212	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.8937
2.561-2.686	0.275	130	0.192	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.8524
2.686-2.831	0.219	135	0.186	2457	X-RAY DIFFRACTION	99.8075
2.831-3.003	0.234	126	0.184	2314	X-RAY DIFFRACTION	99.9181
3.003-3.21	0.239	116	0.194	2208	X-RAY DIFFRACTION	99.914
3.21-3.467	0.241	115	0.185	2046	X-RAY DIFFRACTION	99.5853
3.467-3.797	0.214	87	0.179	1894	X-RAY DIFFRACTION	99.7482
3.797-4.244	0.18	95	0.159	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.9449
4.244-4.898	0.207	86	0.15	1545	X-RAY DIFFRACTION	99.8775
4.898-5.993	0.185	74	0.175	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
5.993-8.452	0.21	50	0.205	1049	X-RAY DIFFRACTION	100
8.452-43.429	0.3	30	0.256	626	X-RAY DIFFRACTION	98.6466

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