PDB-7m5y: human ATP13A2 in the outward-facing E2 state bound to spermine an...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7m5y

タイトル

human ATP13A2 in the outward-facing E2 state bound to spermine and magnesium fluoride

要素

Polyamine-transporting ATPase 13A2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ion transport inhibited state /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type polyamine transporter activity / polyamine transmembrane transport / spermine transmembrane transport / peptidyl-aspartic acid autophosphorylation / regulation of ubiquitin-specific protease activity / polyamine transmembrane transporter activity / regulation of autophagosome size / extracellular exosome biogenesis /

regulation of chaperone-mediated autophagy / P-type ion transporter activity ...ABC-type polyamine transporter activity / polyamine transmembrane transport / spermine transmembrane transport / peptidyl-aspartic acid autophosphorylation / regulation of ubiquitin-specific protease activity / polyamine transmembrane transporter activity / regulation of autophagosome size / extracellular exosome biogenesis /

regulation of chaperone-mediated autophagy / P-type ion transporter activity / negative regulation of lysosomal protein catabolic process /

regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome-lysosome fusion / intracellular monoatomic cation homeostasis / regulation of autophagy of mitochondrion / autophagosome organization / protein localization to lysosome /

phosphatidic acid binding / multivesicular body membrane / positive regulation of exosomal secretion / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / regulation of protein localization to nucleus / cupric ion binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / regulation of mitochondrion organization /

regulation of endopeptidase activity / lysosomal transport / cellular response to zinc ion /

regulation of intracellular protein transport / lipid homeostasis / autophagosome membrane / Ion transport by P-type ATPases /

オートファゴソーム /

regulation of macroautophagy / cellular response to manganese ion / regulation of neuron apoptotic process /

小胞 / monoatomic ion transmembrane transport /

エンドソーム / lysosomal lumen / positive regulation of protein secretion / transmembrane transport /

オートファジー / intracellular calcium ion homeostasis / late endosome / late endosome membrane / cellular response to oxidative stress / manganese ion binding / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / protein autophosphorylation /

リソソーム / neuron projection / lysosomal membrane / neuronal cell body / positive regulation of gene expression /

ATP hydrolysis activity / zinc ion binding /

ATP binding /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lee, K.P.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural mechanisms for gating and ion selectivity of the human polyamine transporter ATP13A2.
著者: Jordan Tillinghast / Sydney Drury / Darren Bowser / Alana Benn / Kenneth Pak Kin Lee /

要旨: Mutations in ATP13A2, also known as PARK9, cause a rare monogenic form of juvenile-onset Parkinson's disease named Kufor-Rakeb syndrome and other neurodegenerative diseases. ATP13A2 encodes a ...

履歴

登録	2021年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2022年4月27日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / em_imaging / em_software / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct / struct_conf / struct_ref_seq_dif Item: _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min ..._em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id 解説: Chirality error / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m5y.cif.gz	347 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m5y.ent.gz	295.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/7m5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23685MC 23683C 23684C 7m5vC 7m5xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (10) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (8) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (10)
#51 - 2004年3月
カルシウムポンプ (Calcium Pump)
類似性 (8)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
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#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyamine-transporting ATPase 13A2

ヘテロ分子

136 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Polyamine-transporting ATPase 13A2 分子量: 129933.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP13A2, PARK9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9NQ11, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う

-
糖 , 2種, 2分子

#5: 糖

ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

#10: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 10種, 30分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MF4 / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / MAGNESIUMTETRAFLUORIDE 分子量: 100.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F₄Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₀O₄
#6: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O
#7: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂
#8: 化合物	ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀
#9: 化合物	ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン / ドデカン分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆
#11: 化合物	ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / 1,5,10,14-テトラアゾニアテトラデカン / スペルミン分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₃₀N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-EUJ / (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate / L-myo-イノシト-ル1,3,5-トリスりん酸3-[(2R)-2,3-ビス(オクタノイルオキシ)プロピル] 分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₉O₁₉P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Transport protein in inhibited state 2 monomer運搬体タンパク質タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.13 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 65 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
phenix.real_space_refine	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285797 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.28 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0056	8061
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.1399	10981
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.2214	1349
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0067	1323
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	14.4709	2907

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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